R语言 gcrma包 compute.affinities()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

compute.affinities(gcrma)
compute.affinities()所属R语言包：gcrma

                                        Probe Affinity computation
                                         探针亲和计算

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

An internal function to calculate probe affinities from their
从他们的内部函数来计算探针亲和力


用法----------Usage----------


compute.affinities(cdfname,verbose=TRUE)
compute.affinities2(cdfname,verbose=TRUE)
check.probes(probepackage,cdfname)



参数----------Arguments----------

参数：cdfname
Object of class character representing the name of CDF file associated with the arrays in the AffyBatch.
Object类的character代表CDFAffyBatch阵列相关文件的名称。


参数：probepackage
character representing the name of the package with the probe sequence information.
character与探针序列信息包的名称。


参数：verbose
Logical value. If TRUE messages about the progress of the function is printed.  
逻辑值。如果TRUE印有关功能的进展的消息。


Details

详情----------Details----------

The affinity of a probe is described as the sum of position-dependent base affinities. Each base at each position contributes to the total affinity of a probe in an additive fashion. For a given type of base, the positional effect is modeled as a spline function with 5 degrees of freedom.
被形容为探针的亲和力位置相关的基础亲和力的总和。在每个位置的每个碱基添加剂时尚总探针亲和力。对于一个给定类型的碱基，位置效应是仿照作为一个具有5个自由度的样条函数。

Use compute.affinities2 if there are no MM probes.
使用compute.affinities2如果有没有MM探针。

check.probes makes sure things are matching as they should.
check.probes使确定的事情，因为他们应该匹配。


值----------Value----------

compute.affinities returns an AffyBatch with the affinities for PM probes in the pm locations and the affinities for MM probes in the mm locations. NA  will be added for probes with no sequence information.
compute.affinities返回一个下午探针在下午地点和mm探针在毫米位置的亲和力亲和力AffyBatch。 NA将增加没有序列信息的探针。


作者（S）----------Author(s)----------


Rafeal Irizarry



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

gcrma,affinity.spline.coefs
gcrma,affinity.spline.coefs

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。