R语言 gaia包 gaia()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

gaia(gaia)
gaia()所属R语言包：gaia

                                         GAIA: An R package for genomic analysis of significant chromosomal aberrations.
                                         盖亚：一个显着的染色体畸变的基因组分析的R包。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

GAIA (Genomic Analysis of Important Aberrations) allows to assess the statistical significance of chromosomal aberrations. A permutation test is used to compute the probability distribution of the normal case (no significant aberrations are present in the data) so that we can estimate the statistical significance of the observed data. In order to correct for multiple hypothesis testing the False Discovery Rate approach proposed by Storey et al. (2004) is used. Finally an iterative "peel-off" procedure is used to identify the most significant independent regions.
盖亚（重要畸变的基因组分析）允许评估的染色体畸变的统计意义。置换测试用来计算正常情况下（无显着性畸变是在目前的数据）的概率分布，因此，我们可以估算的观测数据的统计意义。为了纠正多个测试假发现率的方法，由楼层等提出的假说。 （2004年）。最后一个迭代的“剥离”的过程，是用来识别最显着的独立区域。

GAIA is described in Morganella et al. (2011).
盖亚是在摩等。 （2011年）。


Details

详情----------Details----------


作者（S）----------Author(s)----------


Sandro Morganella et al.

Maintainer: S. Morganella <morganellaalx@gmail.com>




参考文献----------References----------




举例----------Examples----------


# Load the matrix containing the informations about the markers[包含有关标记的信息加载矩阵]
data(synthMarkers_Matrix)

# Use the function load_markers to obtain the marker descriptor data object[使用的的功能load_markers获得的标记描述数据对象]
markers_obj <- load_markers(synthMarkers_Matrix)

# Load the matrix containing the informations about the aberrant regions[加载包含的信息有关的异常区域的矩阵]
data(synthCNV_Matrix)

# Use the function load_cnv to obtain the aberrant region descriptor data object[使用的的功能load_cnv获得的异常区域描述数据对象]
cnv_obj <- load_cnv(synthCNV_Matrix, markers_obj, 10)

# run GAIA algorithm and save the results within the file "results.txt"[运行盖亚算法，并保存在文件“results.txt”的结果]
runGAIA(cnv_obj, markers_obj, "results.txt")

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。