R语言 gage包 kegg.gs()函数中文帮助文档(中英文对照)

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kegg.gs(gage)
kegg.gs()所属R语言包：gage

                                         Common gene set data collections
                                         常见的基因组数据集合

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The gene set data collections derived from KEGG, GO and BioCarta databases.
基因组数据派生的集合从KEGG，GO和BioCarta数据库。


用法----------Usage----------


data(kegg.gs)
data(go.gs)
data(carta.gs)



格式----------Format----------

kegg.gs is a named list of 205 elements. Each element is a character vector of member gene Entrez IDs for a single KEGG pathway. Type head(kegg.gs, 3) for the first 3 gene sets or pathways.
kegg.gs是一个命名的205个元素的列表。每个元素都是一个单一KEGG通路成员基因Entrez的标识特征向量。类型head(kegg.gs, 3)第3基因组或途径。

go.gs is a named list of 1000 elements in this package. It is a truncated list in this package. The ful list of go.gs has ~10000 elements and is provided with an experimental data package gageData. Each element is a character vector of member gene Entrez IDs for a single Gene Ontology term. Type head(go.gs, 3) for the first 3 gene sets or GO terms.
go.gs是1000这个包中的元素命名名单。它是在这个包被截断。 FUL go.gs列表~10000元素，并提供一个实验数据包gageData的。每个元素是一个单一的基因本体术语成员基因Entrez的标识特征向量。类型head(go.gs, 3)第3的基因组或条款。

carta.gs is a named list of 259 elements. Each element is a character vector of member gene Entrez IDs for a single BioCarta pathway. Type head(carta.gs, 3) for the first 3 gene sets or pathways.
carta.gs是一个259元素的命名名单。每个元素都是一个单一BioCarta通路成员基因Entrez的标识字符向量。类型head(carta.gs, 3)第3基因组或途径。


Details

详情----------Details----------

These gene set data were compiled using Entrez Gene IDs, gene set names and mapping information from multiple Bioconductor packages, including: org.Hs.eg.db, kegg.db, go.db and cMAP. Please check the corresponding packages for more information.
这些基因组数据编制使用Entrez基因身份证，基因组的名称和映射信息从多个Bioconductor包，包括：org.Hs.eg.db，kegg.db，go.db和CMAP。请检查相应的软件包，以获得更多信息。

We only provide gene set data for human with this package. For other species, please check the experiment data package list of Bioconductor website or use the Bioconductor package GSEABase to build the users' own gene set collections.
我们只有这个包提供了人类基因组数据。对于其他物种，请检查Bioconductor网站的实验数据包列表或的Bioconductor包GSEABase的使用，建立用户自己的基因组的集合。


源----------Source----------

Data from multiple Bioconductor packages, including: org.Hs.eg.db, kegg.db, go.db and cMAP.
从多个Bioconductor包的数据，包括：org.Hs.eg.db，kegg.db，go.db和CMAP。


参考文献----------References----------

KEGG pathways <URL: ftp://ftp.genome.ad.jp/pub/kegg/pathways> Gene Ontology <URL: http://www.geneontology.org/> cMAP <URL: http://cmap.nci.nih.gov/PW>

举例----------Examples----------


#load expression and gene set data[加载的表达和基因组数据]
data(gse16873)
cn=colnames(gse16873)
hn=grep('HN',cn, ignore.case =TRUE)
dcis=grep('DCIS',cn, ignore.case =TRUE)

data(kegg.gs)
data(go.gs)

#make sure the gene IDs are the same for expression data and gene set[确保表达数据和基因组的基因ID是相同]
#data[数据]
lapply(kegg.gs[1:3],head)
lapply(go.gs[1:3],head)
head(rownames(gse16873))

#GAGE analysis[压力计分析]
gse16873.kegg.p <- gage(gse16873, gsets = kegg.gs,
    ref = hn, samp = dcis)
gse16873.go.p <- gage(gse16873, gsets = go.gs,
    ref = hn, samp = dcis)

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