R语言 gage包 egSymb()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

egSymb(gage)
egSymb()所属R语言包：gage

                                         Mapping between Entrez Gene IDs and official symbols
                                         Entrez基因标识和官方符号之间的映射

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A two column matrix listing the Entrez IDs and official symbols for all currently known human genes.
两列矩阵列出Entrez的ID和所有目前已知的人类基因的官方符号。


用法----------Usage----------


data(egSymb)



格式----------Format----------

The format is: chr [1:40784, 1:2] "1" "10" "100" "1000" ... - attr(*, "dimnames")=List of 2 ..$ : NULL ..$ : chr [1:2] "eg" "sym"
格式是：CHR 1:40784，1:2]“1”，“10”，“100”“1000”... -  ATTR（*，“dimnames”）= 2的名单.. $：空.. $：CHR [1:2]“，例如”SYM“


Details

详情----------Details----------

This mapping matrix is commonly used together with functions eg2sym and sym2eg. Check the examples below.
此映射矩阵常用功能eg2sym和sym2eg。检查下面的例子。


源----------Source----------

This mapping data matrix were compiled using the gene data from NCBI Entrez Gene database.
此映射数据矩阵编制使用从NCBI Entrez基因数据库的基因数据。

Similar information can also be derived from Bioconductor package org.Hs.eg.db. Please check the package for more information.
类似的信息，也可以来自Bioconductor包org.Hs.eg.db.请检查包的更多信息。


参考文献----------References----------



举例----------Examples----------


#genes in gse16873 was label by Entrez IDs[由Entrez的标识基因在gse16873是标签]
data(gse16873)
head(rownames(gse16873))
#may convert the gene IDs to official symbols[可转换基因标识官方符号]
gse16873.sym<-gse16873
data(egSymb)
rownames(gse16873.sym)<-eg2sym(rownames(gse16873.sym))
head(rownames(gse16873.sym))

#convert kegg.gs correspondingly[转换kegg.gs相应]
data(kegg.gs)
kegg.gs.sym<-lapply(kegg.gs, eg2sym)
lapply(kegg.gs.sym[1:3],head)
#GAGE analysis with the converted data[转换后的数据与压力计分析]
cn=colnames(gse16873)
hn=grep('HN',cn, ignore.case =TRUE)
dcis=grep('DCIS',cn, ignore.case =TRUE)
gse16873.kegg.p2 <- gage(gse16873.sym, gsets = kegg.gs.sym,
    ref = hn, samp = dcis)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。