R语言 frma包 barcode()函数中文帮助文档(中英文对照)

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barcode(frma)
barcode()所属R语言包：frma

                                        Gene Expression Barcode
                                         基因表达的条码

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function converts expression values produced via fRMA to a gene expression barcode.
此功能转换基因表达条码通过fRMA生产的表达式的值。


用法----------Usage----------


  barcode(object, platform=NULL, mu=NULL, tau=NULL, cutoff=6.5, output="binary")



参数----------Arguments----------

参数：object
a vector or matrix of expression values or an ExpressionSet or frmaExpressionSet produced by frma
一个向量或矩阵的表达式的值或的ExpressionSet或由frma frmaExpressionSet


参数：platform
the platform of the input data. One of GPL96, GPL570, GPL1261. Required if object is a vector or matrix.
输入数据的平台。其中的GPL96，GPL570，GPL1261。如果对象是一个向量或矩阵。


参数：mu
the mean of the unexpressed distribution. If NULL then precomputed values are used.
未表达分布的均值。如果使用NULL，则预先计算值。


参数：tau
the standard deviation of the unexpressed distribution. If NULL then precomputed values are used.
未表达分布的标准偏差。如果使用NULL，则预先计算值。


参数：cutoff
the lod score cutoff used if output is binary.
LOD得分截止，如果是二进制输出。


参数：output
the desired values to be returned. Options are: p-value, z-score, lod, or binary.
要返回所需的值。选项有：P-值，Z-得分，LOD，或二进制。


值----------Value----------

A matrix containing the type of output specified by the output parameter. The option binary creates a gene expression barcode where 1s denote expressed genes and 0s denote unexpressed genes. The option p-value returns the p-values for the expression values under the unexpressed distribution. The option lod returns the LOD scores for expression values under the unexpressed distribution. The option z-score returns the z-scores for the expression values under the unexpressed distribution.
矩阵包含输出参数所指定的输出类型。二进制的选项创建1S表示基因表达和0表示未表达的基因，一个基因表达的条形码。选项p值，p值下未表达分布的表达式的值返回。 LOD选项返回表达式的值的LOD值下未表达分布。 Z-评分的选项返回Z-分数下未表达分布的表达式的值。


作者（S）----------Author(s)----------


Matthew N. McCall



举例----------Examples----------


  library(frma)
  library(frmaExampleData)
  data(AffyBatchExample)
  object <- frma(AffyBatchExample)
  bc <- barcode(object)

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