R语言 flowWorkspace包 flowWorkspace2flowCore()函数中文帮助文档(中英文对照)

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flowWorkspace2flowCore(flowWorkspace)
flowWorkspace2flowCore()所属R语言包：flowWorkspace

                                         Convert the GatingHierarchies in a GatingSet to a flowCore workflow.
                                         在一个flowCore工作流程GatingSet转换的GatingHierarchies。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Extract the compensation matrices,transformation functions and  all the gates from GatingHierarchies in a GatingSet generated by the flowWorkspace package, and convert them to the respective views and actionItems of workFlows defined by flowCore package.
提取补偿矩阵，转变职能和所有在GatingSet GatingHierarchies由flowWorkspace包产生了大门，和他们各自的看法和定义的工作流flowCore包actionItems转换。


用法----------Usage----------


## S4 method for signature 'GatingSet'
flowWorkspace2flowCore(obj, ...)
## S4 method for signature 'GatingHierarchy'
flowWorkspace2flowCore(obj, ...)
## S4 method for signature 'flowJoWorkspace'
flowWorkspace2flowCore(obj, ...)



参数----------Arguments----------

参数：obj
can be a flowJoWorkspace,GatingSet or a GatingHierarchy  
可以是一个flowJoWorkspace，GatingSet或GatingHierarchy


参数：...
Additional arugments.  path="character" a file path to the fcs file or files.  groupId="integer" a number indicating which group of the data (FlowFrame) should be processed when obj is a flowJoWorkspace. isCompare a logical flag indicating whether the gatingHierarchies should be compared and merged when they have the same structure if a flowJoWorkspace or GatingSet is provided as the input,default is TRUE      
额外arugments。 path="character"功能界别的文件或文件的文件路径。 groupId="integer"数字表明当obj是1 flowJoWorkspace组数据（FlowFrame）应处理。 isCompare表明的gatingHierarchies是否应该进行比较和合并时，它们具有相同的结构，如果flowJoWorkspace或GatingSet作为输入提供一个逻辑标志，默认为TRUE


Details

详情----------Details----------

When the function is applied to a flowJoWorkspace or GatingSet, it compares gating hierarchies and generate one workflow object for multiple samples if they have the same gating hierarchy structure. When obj is a flowJoWorkspace it first calls parseWorkspace function to parse the Workspace and generate GatingSet object and then convert the GatingSet to workflows.  
当函数被应用于到flowJoWorkspace或GatingSet的，它比较浇注层次和多个样品生成一个工作流对象，如果它们具有相同的浇注层次结构。当obj是一个flowJoWorkspace首先调用parseWorkspace的功能解析工作空间和生成GatingSet对象“然后转换GatingSet工作流。


值----------Value----------

Returns a workflow if obj is a GatingHierarchy. Returns a list of workflows if obj is a flowJoWorkspace or a GatingSet.  
返回的工作流程，如果obj是一个GatingHierarchy。返回一个列表的工作流，如果obj是flowJoWorkspace的或1 GatingSet的。


作者（S）----------Author(s)----------



Mike Jiang <a href="mailto:wjiang2@fhcrc.org">wjiang2@fhcrc.org</a>




参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

GatingSet-class GatingHierarchy-class flowJoWorkspace-class parseWorkspace
GatingSet-classGatingHierarchy-classflowJoWorkspace-classparseWorkspace


举例----------Examples----------


##locate workspace xml file and fcs files[＃找到工作空间的XML文件和FCS文件]
dataDir <- system.file("extdata", package = "flowWorkspace")
wsfile<-list.files(dataDir,pattern="xml",full=TRUE)[1]

##open workspace xml file[＃开放的工作空间的XML文件]
## Not run: [＃无法运行：]
ws<-openWorkspace(wsfile)

##Convert a flowWorkspace to workFlows [＃转换为工作流flowWorkspace]
wfs<-flowWorkspace2flowCore(ws,groupId=1,path=dataDir)
plotWf(wfs[[1]])

##parse workspace and convert a GatingSet to workFlows[＃解析工作空间和工作流转换GatingSet]
G <- parseWorkspace(ws,execute=TRUE,name=1,path=dataDir)
wfs<-flowWorkspace2flowCore(G,isCompare=TRUE,path=dataDir)
plotWf(wfs[[1]])

##Convert a GatingHierarchy to workFlow[＃转换GatingHierarchy到工作流程]
wf <- flowWorkspace2flowCore(G[[1]],path=dataDir)
plotWf(wf)

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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