R语言 flowViz包 flowPlot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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flowPlot(flowViz)
flowPlot()所属R语言包：flowViz

                                        Standard Plots for Flow Cytometry Data
                                         流式单元仪数据的标准样

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A method that makes standard plots from a flowFrame. The user may also provide various filter or filterResult arguments to customize the plot.
一种方法，使标准的图，从一个flowFrame。用户还可以提供各种filter或filterResult参数，定制的图。


用法----------Usage----------



flowPlot(x, ...)

## S4 method for signature 'flowFrame'
flowPlot(x, child, filter = NULL,
         plotParameters = c("FSC-H","SSC-H"),
         logx = FALSE, logy = FALSE,
         parent, colParent="Grey", colChild="Blue",
         showFilter = TRUE, gate.fill = "transparent",
         gate.border = "black", xlab, ylab, xlim, ylim,
         ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
An object of class flowFrame that contains the data to be plotted.
一个类的对象flowFrame包含要绘制的数据。


参数：child
An optional argument of class filterResult that specifies a subset of the data that are included in the filterResult  
类的一个可选的参数filterResult指定数据的一个子集，包括在filterResult


参数：filter
A filter, filterResult or filterResultList object.
一个filter，filterResult或filterResultList对象。


参数：plotParameters
A vector of charactors defining the x and y variables in terms of columns in the data.
charactors的X和Y变量的数据列定义的向量。


参数：logx, logy
Logical controlling wheterh the corresponding variables will be log transfromed before passing to the panel function. Default to FALSE.  
逻辑控制相应的变量wheterh将logtransfromed的前传递到面板功能。默认FALSE。


参数：parent
An optional argument of class filterResult that specifies a subset of the data that are inclueed in the filterResult.
类的一个可选的参数filterResult指定的在filterResultinclueed的数据的一个子集。


参数：colParent
Specifying the color for parent. See parent above.
parent指定的颜色。看到parent以上。


参数：colChild
Specifies the color for child. See chile above.
指定颜色child。看到chile以上。


参数：showFilter
Logical, specifying whether to show the filter.  
逻辑，指定是否显示filter。


参数：gate.fill
Specifies the fill color of the gate. Default to transparent.
门指定的填充颜色。默认transparent。


参数：gate.border
Character or specifying the color of the gate border. Default to black.
字符或指定的门边框的颜色。默认black。


参数：xlab, ylab
Labels for data axes.
标签数据轴线。


参数：xlim, ylim
Numeric vectors of length 2 specifying axis limits.
指定轴的极限数值向量的长度为2。


参数：...
More arguments, usually passed on to the underlying lattice methods.
更多的参数，通常传递到底层的格子方法。


Details

详情----------Details----------

The plot that is most commonly used in flow cytometry data analysis is usuall called a "dot plot". In common statistical language, we would call this a scatter plot. The basic idea is a 2-dimensional plot that shows the location of every cell in regard to the measurements made on it, for example, forward scatter vs side scatter. Most applications will, in addition to the data, want to show information about one or more filters (gates). Since there can be a very large number of cells in a sample, it is common to show a smoothed version of the data that doesn't involve registering every point on the graph.
最常使用流式单元仪数据分析图usuall称为“散点图”。在共同的统计语言，我们称之为一个散点图。其基本思路是一个2维图显示的位置上所作的测量方面，每一个单元，例如，前向散射与侧散射。大多数应用将在另外的数据，要显示一个或多个过滤器（门）的信息。由于可能有非常大的单元样本数，这是共同的，不涉及登记在图上每个点的数据显示平滑版本。


作者（S）----------Author(s)----------


P. Haaland



参见----------See Also----------

flowCore
flowCore


举例----------Examples----------



data(GvHD)
flowPlot(GvHD[["s5a01"]])
flowPlot(transform("SSC-H"=asinh,"FSC-H"=asinh) %on% GvHD[["s5a01"]])


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