R语言 flowViz包 contour-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

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contour-methods(flowViz)
contour-methods()所属R语言包：flowViz

                                         Contour plots for flow data
                                         流量数据的等高线图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Basic contour plots for both flowFrames and flowSets. The densities for the contours are estimated using the fast kernel density estimation
既flowFrame和flowSet的基本等高线图。使用快速核密度估计轮廓密度估计


用法----------Usage----------



## method for 'flowFrame' objects
## S4 method for signature 'flowFrame'
contour(
    x,
    y=1:2,
    nlevels=10,
    bw,
    grid.size=c(65,65),
    add=FALSE,
    xlab,
    ylab,
    xlim,
    ylim,
    lwd=1,
    lty=1,
    col=par("fg"),
    fill="transparent",
    ...)


## method for 'flowSet' objects
## S4 method for signature 'flowSet'
contour(
    x,
    y=1:2,
    add=FALSE,
    xlab,
    ylab,
    lwd=1,
    lty=1,
    col=par("fg"),
    fill="transparent",
    ...)




参数----------Arguments----------

参数：x
An object of class flowFrame or flowSet.  
一个对象类flowFrame或flowSet。


参数：y
Numeric or character vector of length 2 indicating the channels to plot.
数字或字符向量长度为2的指示图渠道。


参数：nlevels
The approximate number of contour line levels, see contour for details.
等高线水平近似，看到contour详情。


参数：bw
The bandwidth factor used for the kernel density estimation, see bkde2D for details.
用于核密度估计带宽的因素，请参阅bkde2D详情。


参数：grid.size
The grid size used for the kernel density estimation, see bkde2D for details.
用于核密度估计的网格大小，看到bkde2D详情。


参数：add
Logical, indicating whether contour lines should be superimposed on an existing plot.
逻辑，指示是否应在现有的图叠加等高线。


参数：xlab, ylab
The axis annotation.
轴的注解。


参数：xlim, ylim
The plotting ranges.
绘图范围。


参数：lwd, lty, col, fill
The usual plotting parameters, i.e. the line width, line type, line color and fill color. When using a fill color you should consider alpha blending to improve the results.  
一般的绘图参数，即线宽，线类型，线条颜色，填充颜色。使用填充颜色时，你应该考虑alpha混合，以提高结果。


参数：...
Parameters that are passed on to the plotting functions.
参数被传递到绘图功能。


方法----------Methods----------




x = "flowFrame"  A regular contour plot of the flow data in the frame. It can be added on top of an existing plot using the add
X =“flowFrame”定期帧流数据的等高线图。它可以添加在现有的图使用add顶部




x = "flowSet"  Overlay of contours of densities for each individual frame in the set. You should consider using differnt colors and alpha blending to improve the result. This is only useful for a very limited number of frames in a set (~5), for larger sets you should consider a panelled lattice-type plot. Not that bw, gridSize and nlevels are passed on via the ...
=“flowSet的”覆盖密度的轮廓，每个组中的个别帧。你应该考虑使用不同的充颜色和alpha混合，以提高结果。这仅仅是一帧的数量非常有限，在一组（5）大集，你应该考虑镶板点阵式图，有用的。不是bw，gridSize和nlevels传递，通过...


作者（S）----------Author(s)----------


F. Hahne



参见----------See Also----------

bkde2D, contour, flowFrame, flowSet
bkde2D，contour，flowFrame，flowSet


举例----------Examples----------



data(GvHD)

## simple contour plot[＃简单的等高线图]
contour(GvHD[[1]])

## overlay with existing plot[＃覆盖现有的图]
plot(GvHD[[1]], c("FSC-H", "SSC-H"))
contour(GvHD[[1]], add=TRUE, col="lightgray", lty=3)

## colored contours[＃彩色轮廓]
contour(GvHD[[1]], fill="red")
cols <- rainbow(3, alpha=0.1)
contour(GvHD[[1]], fill=cols, col=cols)

## overlay of multiple flowFrames in a flowSet[＃覆盖多个flowFrames在flowSet]
contour(GvHD[1:3], col=cols, fill=cols)


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