R语言 flowStats包 quadrantGate()函数中文帮助文档(中英文对照)

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quadrantGate(flowStats)
quadrantGate()所属R语言包：flowStats

                                        Automated quad gating
                                         自动四门

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function tries to find the most likely separation of two-dimensional flow cytometry in four quadrants.  
这个函数试图在四个象限中找到最有可能的二维流式单元仪分离。


用法----------Usage----------


quadrantGate(x, stains, alpha=c("min", "min"), sd=c(2, 2), plot=FALSE,
    filterId="defaultQuadGate", refLine.1=NULL, refLine.2=NULL, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
A flowSet or flowFrame.  
一个flowSet或flowFrame。


参数：stains
A character vector of length two giving the two flow parameters for which the quad gate is to be computed.  
一个特征向量的长度给两个流参数是要计算四门。


参数：alpha, sd
Tuning factors to control the computation of the gate boundaries. See rangeGate for details.  
调整因素来控制闸门边界的计算。看到rangeGate详情。


参数：plot
Logical. Produce plots of intermediate results.  
逻辑。产生的中间结果的图。


参数：filterId
Character, the name assigned to the resulting filter.  
字符，分配到由此产生的过滤器的名称。


参数：refLine.1
Either NULL or a numeric of lenth 1. If NULL, this parameter is ignored. When it is set to a numeric, the minor sub-population (if any) below this reference line in the first stain channel will be igored while determining the separator between positive and negative.
要么NULL或数字全长1。如果NULL，则忽略此参数。被设置为一个数字，未成年子人口（如有），低于该参考线在第一污渍通道将确定正负极之间的隔膜，而igored当它。


参数：refLine.2
Either NULL or a numeric of lenth 1. If NULL, this parameter is ignored. When it is set to a numeric, the minor sub-population (if any) below this reference line in the second stain channel will be igored while determining the separator between positive and negative.
要么NULL或数字全长1。如果NULL，则忽略此参数。被设置为一个数字，未成年子人口（如有），低于该参考线在第二污渍通道将确定正负极之间的隔膜，而igored当它。


参数：...
Additional arguments  
额外的参数


Details

详情----------Details----------

The most likely separation between postitive and negative stains for two-dimensional data is computed based on density estimates. Essentially, the gate parameters are first fitted separately for the two parameters and later combined. See the documentation for rangeGate for details. There is a certain amount of heuristics involved in this process. The algorithm can be slightly tweaked using the alpha and sd arguments. Their values will be recycled for the two dimensions unless explicitely given as vectors of length 2.
基于密度估计的二维数据之间建国，和消极的污渍最有可能的分离计算。从本质上讲，第一门参数是两个参数分别安装和购买相结合。 rangeGate详情，请参阅文档。有一定量的是，在这个过程中涉及的启发式。该算法可以略微调整了使用alpha和sd论据。他们的价值观，将回收的两个维度，除非明确地给出向量的长度为2。


值----------Value----------

An object of class quadGate.
对象类quadGate。


作者（S）----------Author(s)----------


Florian Hahne



参见----------See Also----------

quadGate, rangeGate
quadGate，rangeGate


举例----------Examples----------



data(GvHD)
dat <- GvHD[pData(GvHD)$Patient==10]
dat <- transform(dat, "FL4-H"=asinh(`FL4-H`), "FL2-H"=asinh(`FL2-H`))
qg <- quadrantGate(dat, c("FL2-H", "FL4-H"))
qg

if(require(flowViz))
xyplot(`FL2-H`~`FL4-H`, dat, filter=qg)

qg <- quadrantGate(dat, c("FL2-H", "FL4-H"), alpha=c(0.1, 0.9), plot=TRUE)
qg
split(dat, qg)


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