R语言 flowQ包 qaProcess.DensityPlot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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qaProcess.DensityPlot(flowQ)
qaProcess.DensityPlot()所属R语言包：flowQ

                                         Creates a QA process for comparisons of density plots across
                                         创建一个跨密度图进行比较的QA流程

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function takes a list of flowSet as input and  creates all necessary outputs for a 'DensityPlot' type QA process. Objects created by this function can be laid out as HTML using writeQAReport.
此功能需要的flowSet列表作为输入，并创建一个“DensityPlot”型QA流程的所有必要的输出。由这个函数创建的对象可以作为HTML使用writeQAReport奠定了。


用法----------Usage----------


  qaProcess.DensityPlot(flowList,dyes=NULL,outdir="QAReport",
                       alpha=0.05,absolute.value=NULL,sum.dimensions=NULL,
                           det.dimensions=NULL, pdf=TRUE,name="Density",...)



参数----------Arguments----------

参数：flowList
A list of flowSet  
一个的flowSet列表


参数：dyes
Flow parameters to be compared across multiple samples.  If set to NULL, all parameters that are duplicated across the list of  flowSet are identified and compared.
流参数进行比较多个样本。如果设置为NULL，整个列表重复的所有参数flowSet确定和比较。


参数：outdir
The directory to which the graphical output is to be saved. If multiple QA processes are to be combined, make sure to use the same directory every time.  
图形输出要保存的目录。如果要合并的多个QA流程，确保每次使用相同的目录。


参数：alpha
Outlier mislabeling rate
离群标示法率


参数：absolute.value
If provided, the absolute.value is used for the  outlier detection and the alpha argument is ignored. defualt is NULL
如果提供，absolute.value用于异常检测的α参数将被忽略。 defualt是NULL


参数：sum.dimensions
The dimensions of summary plot generated in inches, default is NULL where the dimensions are automatically selected
总结图产生英寸的尺寸，默认值为NULL的尺寸自动选择


参数：det.dimensions
the dimensions of each sub image generated by the QA process in inches, default is NULL where the dimensions are automatically selected.  
英寸的QA过程中产生的每个子图像的尺寸，默认值为NULL的尺寸自动选择。


参数：pdf
boolen value determinining if pdf files or jpeg images will be  produced by the QA process  
boolen价值determinining如果PDF文件或JPEG图像将由QA流程


参数：name
The name of the process used for the headings in the HTML output.
该进程的名称用于在HTML输出的标题。


参数：...
Further arguments.
进一步的论据。


Details

详情----------Details----------

QA processes of type 'DensityPlot' detects differences in the density plots across multiple samples. A summary measure based on the sum of the pairwise KL Distances of density plots is used as a parameter to flag patient panels that are potential outliers.
质量保证过程的类型DensityPlot检测多个样品的密度图的差异。密度图的成对吉隆坡距离的总和的基础上总结的措施被用来作为一个参数标记，是潜在的离群的病人板。

For more details on how to layout qaProcess objects to  HTML, see writeQAReport and qaReport.
对于如何布局qaProcess对象为HTML的更多细节，请参阅writeQAReport和qaReport。


值----------Value----------

An object of class qaProcess.  
对象类qaProcess。


作者（S）----------Author(s)----------


Nishant Gopalakrishnan



参见----------See Also----------

writeQAReport, qaReport, qaProcess, qaProcess.marginevents, qaProcess.ECDFPlot, qaProcess.2DStatsPlot
writeQAReport，qaReport，qaProcess，qaProcess.marginevents，qaProcess.ECDFPlot，qaProcess.2DStatsPlot


举例----------Examples----------


data(qData)
dest <- tempdir()
resDensityFSC <- qaProcess.DensityPlot(qData, dyes=c("FSC-A","SSC-A"),
                    outdir=dest, alpha=0.2, pdf=TRUE)




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