pipeline(flowPhyto)
pipeline()所属R语言包：flowPhyto
Run the SeaFlow Pipeline
运行SeaFlow管道
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
run the pipeline
运行管道
用法----------Usage----------
pipeline(cruise.name='', repo=REPO.PATH, range=NULL, steps=1:4, pct=.97,
clust.concat.ct=3, resample.size=300, resamp.concat.max=10,
filter.width=1.5, filter.notch=1, filter.edge=1,
classify.func =2, classify.varnames=CHANNEL.CLMNS.SM, classify.numc=0, classify.noise=0,
map.margin=2,
concat.sds=!is.na(match(1,steps)), load.to.db=FALSE, preplot=FALSE, cleanup=TRUE,
input.path=paste(repo, '/', cruise.name, sep=''),
output.path=input.path, log.dir=output.path,
def.path=paste(input.path,'/', 'pop.def.tab',sep=''), parallel=TRUE, submit.cmd='qsub')
参数----------Arguments----------
参数：cruise.name
Simplified cruise name (same name as the subdirectory in the seaflow data dir).
简化邮轮名称（在seaflow数据目录的子目录名称相同）。
参数：steps
Which steps of the pipeline to run. step 1 is filter, step 2 is classify, step 3 is census and consensus, step 4 is summarize. 1:2 will do step 1 to 2, etc.
哪些步骤运行的管道。第1步是过滤器，第2步是分类，第3步是普查，并达成共识，第4步是总结。 1:2将执行步骤1至2等
参数：pct
percentage completion (number of indicator files created vs input files) each job step should go to.
完成百分比（与输入文件创建的指标文件数）每个作业步骤应该去。
参数：clust.concat.ct
Number of event file to concatenate at a time during the clustering/classification step.
事件文件的数量，连接在聚类/分类步骤一次。
参数：map.margin
Margin in latitude/longitude around the map plots.
周围的图图的经度，纬度/保证金。
参数：resample.size
Minimum number of events in a population.
在人口活动的最低数量。
参数：resamp.concat.max
Maximum number of allowable event files to concatenate to generate statistics from.
允许事件文件的最大数量来连接生成统计。
参数：filter.notch
the location of the x=y (by default) point to create the notch in the gated filter
X = Y的位置（默认）创建选通滤波器陷波点
参数：filter.width
the margin of error for particle alignment determination in the filter step.
颗粒过滤器的步骤对齐决心保证金的错误。
参数：filter.edge
location of the boundary layer between water/air. Particles located at the boundary layer scatter light that can be detected by the position detectors for the filter step.
水/空气之间的边界层的位置。在位于边界层散射光滤波器的阶跃的位置探测器，可以通过检测的颗粒。
参数：classify.func
Choose the clustering method, either flowClust (func = 1) or flowMeans (func = 2, by default) function
聚类分析方法的选择，要么flowClust（FUNC = 1）或flowMeans（FUNC = 2，默认情况下）功能
参数：classify.varnames
A character vector specifying the variables (columns) to be included in clustering when choosing flowMeans.
指定一个字符向量聚类包括在选择flowMeans时必须在变量（列）。
参数：classify.numc
Number of clusters when choosing flowMeans. If set to 0 (default) the value matches the number of populations defined in pop.def table . If set to NA, the optimal number of clusters will be estimated automatically.
的聚类在选择flowMeans时数。如果设置为0（默认）值pop.def表中定义的人口数量相匹配。如果设置为NA，最优簇数目将自动估计。
参数：classify.noise
Set up the noise threshold for phytoplankton cells. Only cells with chlorophyll value higher than the noise will be clustered
成立浮游植物单元的噪声阈值。叶绿素值较高的噪声只有单元将聚集
参数：concat.sds
Determines if the sds files in the individual julian day directories should be concatenated together into sds.tab
如果在个别儒略日目录SDS文件确定应连接在一起成sds.tab
参数：load.to.db
Load the sds and stat files to the database.
SDS和stat文件加载到数据库中。
参数：preplot
Preplot the level 2 analysis plots to 'output.path'.
Preplot的第2级分析output.path“的图。
参数：cleanup
Cleanup the submission and (non error reporting) R CMD BATCH log files.
清理的意见书（非错误报告）规CMD批处理log文件。
参数：input.path
Path to the directory with input data (raw evt or opp files.
输入数据（EVT原料或OPP文件的目录的路径。
参数：output.path
Path to the directory where you wish to output data.
你要输出数据的目录的路径。
参数：log.dir
Path to the directory where log file will be written.
将被写入log文件的目录的路径。
参数：def.path
Path to the file that defines how to gate & cluster the events into populations.
路径的文件，它定义如何门及聚类成群体事件。
参数：parallel
Boolean indicating if the job should be run in parallel using qsub (vs in serial)
布尔值，表示如果作业应当运行在并行使用qsub（与串行）
参数：repo
Full path to your SeaFlow repository
您SeaFlow库的完整路径
参数：range
A named, two-integer vector specifying the start and end (inclusive) range for subsetting the input files used in each analysis step (with the exception of summarize). Values should be a (evt/opp) file numbers and names should be strings corresponding to the year_julianday directory names. The nv() function is useful for creating this vector.
命名，两个整数向量指定的子集在每个分析步骤（异常总结）用于输入文件的开始和结束（含）的范围。值应该是（EVT / OPP）的文件编号和名称应该是字符串相应的year_julianday目录名。 NV（）函数是用于创建这个向量。
参数：submit.cmd
the command used to deploy an R CMD BATCH system call to a cluster. Must be used in conjunction with parallel=TRUE.
用来部署一个R CMD批处理系统命令调用到聚类。必须使用结合并行= TRUE。
举例----------Examples----------
example.cruise.name <- 'seaflow_cruise'
temp.out.dir <- '.' #path.expand('~')[path.expand（~）]
output.path <- paste(temp.out.dir,'/',example.cruise.name,sep='')
seaflow.path <- system.file("extdata", example.cruise.name, package="flowPhyto")
file.copy(from=seaflow.path, to=temp.out.dir, recursive=TRUE)
pipeline(repo= temp.out.dir, cruise.name='seaflow_cruise', steps=4, parallel=FALSE)
unlink(example.cruise.name, recursive=TRUE)
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注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 18:00:57
