R语言 flowFlowJo包 collectSummaryFlowInfo()函数中文帮助文档(中英文对照)

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collectSummaryFlowInfo(flowFlowJo)
collectSummaryFlowInfo()所属R语言包：flowFlowJo

                                         Collect Population Statistics on Flow Files
                                         收集人口统计数据流文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Creates a data structure containing a comprehensive list of summary statistics and related information on the cell populations of the FCS files referenced in one or more FlowJo workspaces.  
创建一个数据结构，包含一个或多个FlowJo工作区中引用的FCS文件的单元群的汇总统计和相关信息的综合列表。


用法----------Usage----------


collectSummaryFlowInfo(fj, ...)  



参数----------Arguments----------

参数：fj
a flowJoList object.  See readFlowJoList.   
flowJoList对象。看到readFlowJoList。


参数：...
Additional arguments detailed below:   
额外的参数详列如下：


Details

详情----------Details----------

Additional arguments also include the following:  
额外的参数还包括以下内容：


值----------Value----------

The method collectSummaryFlowInfo returns a moderately complex data structure called an fcsSummaryList detailing summary statistics and other information from the cell populations listed in one or more FlowJo workspaces.  The main argument for this method is a flowJoList object that was created using the readFlowJoList method.  The key issue here is that parsing a set of FlowJo workspaces and converting the referenced gates into flowCore style filters takes only a few seconds or minutes.  Reading in each of the referenced FCS files in a very large experiment and gating them with the filters (which this code does), may take many hours.  Thus this method also includes two arguments  (fileNamePatterns and gateNamePatterns) to reduce the number of FCS files examined.  This method may, optionally, search the text/header section of each FCS file looking for specific keywords (e.g. $P2R, or $DATE, etc.) and collect the appropriate values.  Finally, one of the main operations of this method is to collect the MFIs cell counts for each population in each FCS file.  The user can choose either mean, median, or mode for the MFI values.  Returned values are in untransformed units (e.g. not log intensities).  
在的方法collectSummaryFlowInfo返回一个中等复杂的数据结构称为fcsSummaryList详细汇总统计数据和其他信息从一个或多个FlowJo工作区中的单元群。这种方法的主要论点是flowJoList使用readFlowJoList方法创建的对象。这里的关键问题是，解析了一套FlowJo工作区，并将其转换成flowCore风格过滤器的引用盖茨只有几秒钟或几分钟。阅读在每个FCS在一个非常大的实验和过滤器（这个代码），浇注他们所引用的文件，可能需要几个小时。因此，这种方法还包括两个参数（fileNamePatterns和gateNamePatterns），FCS的审查文件，以减少数量。可选，这种方法可搜索每个FCS文件的文本/头节寻找特定关键字，（P2R如$，或$日期等），并收取适当的值。最后，这种方法的主要业务之一是收集每个人口在每个FCS文件的小额信贷机构的单元计数。用户可以选择任一平均，中位数，MFI值或模式。返回的值是在未转换的单位（如不登录强度）。


作者（S）----------Author(s)----------


John Gosink



参考文献----------References----------

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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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