R语言 flowCore包 spillover()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

spillover(flowCore)
spillover()所属R语言包：flowCore

                                        Compute a spillover matrix from a flowSet
                                         计算从一个flowSet外溢矩阵

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Spillover information for a particular experiment is often  obtained by running several tubes of beads or cells stained with a single color that can then be used to determine a spillover matrix for use with compensate.
溢出特定实验的信息往往是通过运行几个用一个单一的颜色，然后可以使用确定compensate的外溢矩阵染色珠或单元管。


用法----------Usage----------


## S4 method for signature 'flowSet'
spillover(x, unstained = NULL, patt = NULL, fsc = "FSC-A",
        ssc = "SSC-A", method = "median", useNormFilt=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：x
A flowSet of compensation beads or cells  
的补偿珠或单元flowSet，


参数：unstained
The name of index of the unstained negative control
未染色阴性对照指数名称


参数：patt
An optional regular expression defining which parameters should be considered.
一个可选的正则表达式定义应考虑哪些参数。


参数：fsc
The name or index of the forward scatter parameter
前向散射参数的名称或索引


参数：ssc
The name or index of the side scatter parameter
侧面散射参数的名称或索引


参数：method
The statistic to use for calculation. Traditionally, this has been the median so it is the default. The mean is sometimes more stable.
用于计算统计。传统上，这一直是中位数，所以它是默认的。平均有时是更稳定。


参数：useNormFilt
Logical Indicating whether to apply a norm2Filter first before computing the spillover
逻辑指示是否申请前计算的溢出norm2Filter第一


Details

详情----------Details----------

The algorithm used is fairly simple. First, using the scatter parameters, we restrict ourselves to the most closely clustered population to reduce the amount of debris. The selected statistic is then calculated on all appropriate parameters and the unstained values swept out of the matrix.  Every sample is then normalized to [0,1] with respect to the maximum value of the sample, giving the spillover in terms of a proportion of the primary channel intensity.
所使用的算法是相当简单的。首先，使用散射参数，我们限制自己最紧密的聚集人口减少碎片的数量。选定的统计数据，然后计算所有适当的参数和未染色值矩阵席卷。每个样品归一化到[0,1]，样品的最大价值，在主通道强度的比例方面给予的外溢。


值----------Value----------

A matrix for each of the parameters
每个参数的矩阵


作者（S）----------Author(s)----------


B. Ellis



参考文献----------References----------

for any number of flow cytometry parameters. in: Annals of the New York Academy of Sciences,

参见----------See Also----------

compensate
compensate

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