R语言 flowClust包 plot,flowClust-method()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plot,flowClust-method(flowClust)
plot,flowClust-method()所属R语言包：flowClust

                                        Scatterplot of Clustering Results
                                         聚类结果的散点图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This method generates scatterplot revealing the cluster assignment, cluster boundaries according to the specified percentile as well as supplemental information like outliers or filtered observations.
这种方法产生的散点图揭示聚类分配，聚类边界，按照指定的百分以及补充信息，如离群或过滤的意见。


用法----------Usage----------


## S4 method for signature 'flowClust'
plot(x, data, subset=c(1,2), ellipse=TRUE, show.outliers=TRUE,
     show.rm=FALSE, include=1x@K), main=NULL, grayscale=FALSE,
     col=(if (grayscale) gray(1/4) else 2length(include)+1)),
     pch=".", cex=0.6, col.outliers=gray(3/4), pch.outliers=".",
     cex.outliers=cex, col.rm=1, pch.rm=1, cex.rm=0.6, ecol=1,
     elty=1, level=NULL, u.cutoff=NULL, z.cutoff=NULL,
     npoints=501, add=FALSE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
Object returned from flowClust.
从flowClust返回的对象。


参数：data
A matrix, data frame of observations, or object of class flowFrame. This is the object on which flowClust was performed.
一个矩阵，观测的数据框，或对象类flowFrame。这是上flowClust被执行的对象。


参数：subset
A numeric vector of length two indicating which two variables are selected for the scatterplot.  Alternatively, a character vector containing the names of the two variables is allowed if x@varNames is not NULL.
一个长度说明这两个变量的散点图选择两个数字向量。另外，含有两个变量的名称字符向量允许x@varNames如果非NULL。


参数：ellipse
A logical value indicating whether the cluster boundary is to be drawn or not.  If TRUE, the boundary will be drawn according to the level specified by level or cutoff.
一个逻辑值，指示是否要绘制或聚类边界。如果TRUE，边界将绘制根据level或cutoff指定的水平。


参数：show.outliers
A logical value indicating whether outliers will be explicitly shown or not.
一个逻辑值，表明离群是否会被明确地显示或不。


参数：show.rm
A logical value indicating whether filtered observations will be shown or not.
一个逻辑值，表明过滤的意见是否会被显示或不显示。


参数：include
A numeric vector specifying which clusters will be shown on the plot.  By default, all clusters are included.
指定一个数值向量聚类将图所示。默认情况下，所有的聚类都包括在内。


参数：main
Title of the plot.
图的标题。


参数：grayscale
A logical value specifying if a grayscale plot is desired.  This argument takes effect only if the default values of relevant graphical arguments are taken.
一个逻辑值，指定如果灰度图的需要。此参数生效，只有当有关图形参数的默认值。


参数：col
Color(s) of the plotting characters.  May specify a different color for each cluster.
颜色绘制字符。可以指定一个不同的颜色为每个聚类。


参数：pch
Plotting character(s) of the plotting characters.  May specify a different character for each cluster.  
绘图绘制字符的字符（S）。可以指定一个不同的角色，为每个聚类。


参数：cex
Size of the plotting characters.  May specify a different size for each cluster.
绘制字符的大小。可以指定一个不同的大小为每个聚类。


参数：col.outliers
Color of the plotting characters denoting outliers.
表示离群绘制字符的颜色。


参数：pch.outliers
Plotting character(s) used to denote outliers.  May specify a different character for each cluster.
绘制字符（S）用来表示离群。可以指定一个不同的角色，为每个聚类。


参数：cex.outliers
Size of the plotting characters used to denote outliers.  May specify a different size for each cluster.
用来表示离群绘图字符的大小。可以指定一个不同的大小为每个聚类。


参数：col.rm
Color of the plotting characters denoting filtered observations.
颜色绘制字符表示过滤的意见。


参数：pch.rm
Plotting character used to denote filtered observations.
绘制字符用来表示过滤的意见。


参数：cex.rm
Size of the plotting character used to denote filtered observations.
用来表示过滤观测绘图字符的大小。


参数：ecol
Color(s) of the lines representing the cluster boundaries.  May specify a different color for each cluster.
颜色（S）的代表聚类的边界线。可以指定一个不同的颜色为每个聚类。


参数：elty
Line type(s) drawing the cluster boundaries.  May specify a different line type for each cluster.
线路类型（S）绘制聚类界限。可以指定一个不同的线路类型为每个聚类。


参数：level, u.cutoff, z.cutoff
These three optional arguments specify the rule used to identify outliers.  By default, all of them are left unspecified, meaning that the rule stated in x@ruleOutliers will be taken.  Otherwise, these arguments will be passed to ruleOutliers.
这三个可选的参数指定用于识别离群值的规则。默认情况下，他们都是不指定，这意味着规则x@ruleOutliers将采取的表示。否则，这些参数将被传递到ruleOutliers。


参数：npoints
The number of points used to draw each cluster boundary.
用于绘制每个聚类边界点的数目。


参数：add
A logical value.  If TRUE, add to the current plot.
一个逻辑值。如果TRUE，添加到当前的图。


参数：...
Further graphical parameters passed to the generic function plot.
进一步图形参数传递给泛型函数plot。


注意----------Note----------

The cluster boundaries need not be elliptical since Box-Cox transformation has been performed.
Box-Cox变换以来已进行聚类边界不一定是椭圆形的。


作者（S）----------Author(s)----------



Raphael Gottardo &lt;<a href="mailto:raph@stat.ubc.ca">raph@stat.ubc.ca</a>&gt;, Kenneth Lo &lt;<a href="mailto:c.lo@stat.ubc.ca">c.lo@stat.ubc.ca</a>&gt;




参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

flowClust
flowClust

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注：
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