R语言 flagme包 compress()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

compress(flagme)
compress()所属R语言包：flagme

                                        Compress an alignment object
                                         压缩对齐对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Many of the peaks are not similar.  So, the set of pairwise similarity matrices can be compressed.
许多山峰都没有类似的。因此，一套两两相似矩阵可以被压缩。


用法----------Usage----------


compress(object,verbose=TRUE,...)
decompress(object,verbose=TRUE,...)



参数----------Arguments----------

参数：object
a peaksAlignment, peaksAlignment or peaksAlignment object to be compressed
peaksAlignment，peaksAlignment或peaksAlignment对象被压缩


参数：verbose
logical, whether to print out information
逻辑，无论是打印出来的信息


参数：...
further arguments
进一步的论据


Details

详情----------Details----------

Using sparse matrix representations, a significant compression can be achieved.  Here, we use the matrix.csc class of the SpareM package.
使用稀疏矩阵表示，一个重要的压缩可以实现的。在这里，我们使用matrix.csc类SpareM包。


值----------Value----------

an object of the same type as the input object
相同类型的对象作为输入对象


作者（S）----------Author(s)----------


Mark Robinson



参考文献----------References----------

PhD dissertation University of Melbourne.

参见----------See Also----------

peaksAlignment, clusterAlignment, progressiveAlignment
peaksAlignment，clusterAlignment，progressiveAlignment


举例----------Examples----------


require(gcspikelite)

# paths and files[路径和文件]
gcmsPath<-paste(.find.package("gcspikelite"),"data",sep="/")
cdfFiles<-dir(gcmsPath,"CDF",full=TRUE)
eluFiles<-dir(gcmsPath,"ELU",full=TRUE)

# read data, peak detection results[读取数据，峰值检测结果]
pd<-peaksDataset(cdfFiles[1:2],mz=seq(50,550),rtrange=c(7.5,8.5))
pd<-addAMDISPeaks(pd,eluFiles[1:2])

# pairwise alignment (it is compressed by default)[两两对齐（这是默认情况下，压缩）]
ca<-clusterAlignment(pd, usePeaks = TRUE, df = 20)
object.size(ca)

# decompress [解压缩]
ca<-decompress(ca)
object.size(ca)

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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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