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exomeCopy-package(exomeCopy)
exomeCopy-package()所属R语言包：exomeCopy

                                         Detection of CNV in exome/targeted sequencing data
                                         CNV的检测外显子组/定位的测序数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A hidden Markov model for the detection of copy number variants (CNV) in exome/targeted sequencing read depth data.  The package uses positional covariates, such as background read depth and GC-content, to simultaneously normalize and segment the samples into regions of constant copy count.
一个外显子组中的拷贝数变异检测的隐马尔可夫模型（CNV）的/有针对性的测序读深度数据。包使用位置的变项，如阅读的深度和GC含量的背景，同时标准化和不断复印计数的区域分割成样本。


Details

详情----------Details----------

exomeCopy fits a hidden Markov model to observed read counts using covariates.  It returns the Viterbi path, the most likely path of hidden states, which is the predicted copy count at each window.
exomeCopy适合隐马尔可夫模型，利用协变量来观察读取计数。它返回的Viterbi路径，预测复印计数在每个窗口的隐藏状态，这是最有可能的路径。


作者（S）----------Author(s)----------



Michael Love <love@molgen.mpg.de>




参考文献----------References----------

Vingron, Martin; and Haas, Stefan A. (2011) "Modeling Read Counts for CNV Detection in Exome Sequencing Data," Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology: Vol. 10 : Iss. 1, Article 52. DOI: 10.2202/1544-6115.1732 http://www.bepress.com/sagmb/vol10/iss1/art52.

参见----------See Also----------

exomeCopy
exomeCopy

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注：
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