R语言 eisa包 ISACHR()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ISACHR(eisa)
ISACHR()所属R语言包：eisa

                                        Calculate chromosome enrichment for transcription modules
                                         计算染色体富集的转录模块

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Hypergeometric test(s) to check whether significantly many genes of an ISA module are on the same chromosome.
超几何试验（S），以检查是否在同一条染色体上有显着的许多基因的ISA模块。


用法----------Usage----------


ISACHR (modules, ann = annotation(modules), features = featureNames(modules),
    hgCutoff = 0.05, correction = TRUE, correction.method = "holm")



参数----------Arguments----------

参数：modules
An ISAModules object, a set of ISA modules.
ISAModules对象，一组的ISA模块。


参数：ann
Character scalar. The annotation package to be used. By default it is taken from the modules argument.
字符标。注释要使用的包。默认情况下它是取自modules参数。


参数：features
Character vector. The names of the features. By default it is taken from the modules argument.
特征向量。功能的名称。默认情况下它是取自modules参数。


参数：hgCutoff
Numeric scalar. The cutoff value to be used for the enrichment significance. This can be changed later, without recalculating the test.
数字标。截止值将用于充实意义。这是可以改变后，没有重新计算测试。


参数：correction
Logical scalar, whether to perform multiple hypothesis testing correction.
逻辑标量，是否执行多个假设检验校正。


参数：correction.method
Character scalar, the multiple testing correction method to use. Possible values: “holm”, “hochberg”, “hommel”, “bonferroni”, “BH”, “BY”, “fdr”, “none”. See the p.adjust function for details on these.  
字符标量，使用多个测试校正方法。可能的值：“冬青”，“hochberg”，“HOMMEL”，“邦弗朗尼”，“波黑”，“”，“FDR”，“无”。见p.adjust这些细节功能。


Details

详情----------Details----------

The hypergeometric test, a version Fisher's exact test, takes a chromosome and a gene set (in our case coming from an ISA module) and asks whether the number of genes in the set that are on the given chromosome is significantly more (or less) than what one would expect by chance.
在超几何试验，1版本费舍尔的精确检验，需要1号染色体和1的基因组（在我们的情况下从1的ISA模块），并询问是否组中的基因，在给定的染色体上的数量是显著更多（或更少）比什么人会想到一个偶然的机会。

ISACHR performs the hypergeometric test for every module, for every chromosome. The chromosome mapping is taken from the annotation package of the chip.
ISACHR执行每个模块的超几何测试，每一个染色体。染色体定位是从芯片的注解包。

ISACHR currently cannot test for under-representation.
ISACHR目前无法测试的代表性不足。


值----------Value----------

A CHRListHyperGResult object.
一个CHRListHyperGResult对象。


作者（S）----------Author(s)----------


Gabor Csardi <a href="mailto:Gabor.Csardi@unil.ch">Gabor.Csardi@unil.ch</a>



参考文献----------References----------

analysis of large-scale gene expression data Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys. 2003 Mar;67(3 Pt 1):031902. Epub 2003 Mar 11.

参见----------See Also----------

ISAGO, ISAKEGG and ISAmiRNA for other enrichment calculations.
ISAGO，ISAKEGG和ISAmiRNA其他的富集计算。

The Category package.
Category包。


举例----------Examples----------


data(ALLModulesSmall)
CHR <- ISACHR(ALLModulesSmall)
CHR
sigCategories(CHR)[[2]]
geneIdsByCategory(CHR)[[2]][[1]]

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