R语言 eisa包 ISA2heatmap()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ISA2heatmap(eisa)
ISA2heatmap()所属R语言包：eisa

                                        Heatmap of a transcription module
                                         转录模块的热图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Create a heatmap plot for an ISA module.
创建一个ISA模块的热图积。


用法----------Usage----------


ISA2heatmap (modules, module, eset, norm = c("raw", "feature", "sample"),
    scale = c("none", "row", "column"), ...)



参数----------Arguments----------

参数：modules
An ISAModules object.
ISAModules对象。


参数：module
Numeric scalar, the number of the module to plot.
数字标量，图模块的数量。


参数：eset
An ExpressionSet or ISAExpressionSet object. If an ExpressionSet object is supplied (and the norm argument is not set to "raw"), then it is normalised by calling ISANormalize on it. A subset of eset is selected that corresponds to the features included in modules.  
ExpressionSet或ISAExpressionSet对象。如果ExpressionSet对象提供（和norm参数没有被设置为“原始”），然后调用ISANormalize标准化。被选中对应的功能包括在esetmodules的一个子集。


参数：norm
Character constant, specifies whether and how to normalize the expression values to plot. "raw" plots the raw expression values, "feature" the expression values scaled and centered for each feature (=gene) separately and if "sample" is specified then the expression values are centered and scaled separately for each sample.
字符常量，指定是否以及如何标准化的表达式的值来绘制。 “原始”图的原始表达式的值，功能的表达式的值缩放，并为每个功能（基因）分别和“样本”，然后指定表达式的值集中，并调整每个样品分别为中心。


参数：scale
Character scalar, passed to the heatmap function.
字符标量，传递给heatmap功能。


参数：...
Additional arguments, they are passed to the heatmap function.
额外的参数，它们传递给heatmap功能。


值----------Value----------

The same as heatmap.
heatmap。


作者（S）----------Author(s)----------


Gabor Csardi <a href="mailto:Gabor.Csardi@unil.ch">Gabor.Csardi@unil.ch</a>



参考文献----------References----------

analysis of large-scale gene expression data Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys. 2003 Mar;67(3 Pt 1):031902. Epub 2003 Mar 11.

参见----------See Also----------

heatmap
heatmap


举例----------Examples----------


library(ALL)
data(ALL)
data(ALLModulesSmall)

if (interactive()) {
  ISA2heatmap(ALLModulesSmall, 1, ALL, norm="feature")
}

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