topTags(edgeR)
topTags()所属R语言包：edgeR
Table of the Top Differentially Expressed Tags
顶级表的差异表达的标签
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Extracts the top DE tags in a data frame for a given pair of groups, ranked by p-value or absolute log-fold change.
排名p值或绝对log倍的变化，在一个给定一组对数据框中提取的顶端DE标签。
用法----------Usage----------
topTags(object, n=10, adjust.method="BH", sort.by="p.value")
参数----------Arguments----------
参数：object
a DGEExact object (output from exactTest) or a DGELRT object (output from glmLRT), containing the (at least) the elements table: a data frame containing the log-concentration (i.e. expression level), the log-fold change in expression between the two groups/conditions and the p-value for differential expression, for each tag. If it is a DGEExact object, then topTags will also use the comparison element, which is a vector giving the two experimental groups/conditions being compared. The object may contain other elements that are not used by topTags.
DGEExact对象（输出exactTest）DGELRT对象，其中包含的元素（至少）glmLRT（table）：数据输出帧包含log浓度（即表达水平），表达log倍两组/条件和差异表达的P-值之间的变化，每一个标签。如果它是一个DGEExact对象，然后topTags也将使用comparison元素，它是一个向量，给两个实验组/被比较的条件。对象可能包含其他元素不topTags的。
参数：n
scalar, number of tags to display/return
标，标签，以显示/返回
参数：adjust.method
character string stating the method used to adjust p-values for multiple testing, passed on to p.adjust
字符串，说明p值调整为多个测试方法，通过对p.adjust
参数：sort.by
character string, indicating whether tags should be sorted by p-value ("p.value") or absolute log-fold change ("logFC"); default is to sort by p-value.
字符串，指示标签是否应该被P-值（"p.value"）或绝对的log倍的变化（"logFC"）排序;默认是由p值排序。
值----------Value----------
an object of class TopTags containing the following elements for the top n most differentially expressed tags as determined by sort.by.
一个类的对象TopTags顶端n差异表达的标签含有以下元素确定sort.by。
参数：table
a data frame containing the elements logConc, the log-average concentration/abundance for each tag in the two groups being compared, logFC, the log-abundance ratio, i.e. fold change, for each tag in the two groups being compared, p.value, exact p-value for differential expression using the NB model, adj.p.val, the p-value adjusted for multiple testing as found using p.adjust using the method specified
logConc，对数平均浓度/每个标签的丰度相比，两组数据框包含的元素，logFC，log的丰度比，即倍，每一个标签，在两组相比，p.value，确切的P-值差，使用的NB模型，adj.p.val表达，P-值调整为多个测试，如发现使用p.adjust使用指定的方法
参数：comparison
a vector giving the names of the two groups being compared
一个向量给两组进行比较的名称
There is a show method for this class.
这个类有一个show方法。
作者（S）----------Author(s)----------
Mark Robinson, Davis McCarthy, Gordon Smyth
参考文献----------References----------
参见----------See Also----------
exactTest, glmLRT, p.adjust.
exactTest，glmLRT，p.adjust。
Analogous to topTable in the limma package.
类似于topTable，在limma包。
举例----------Examples----------
# generate raw counts from NB, create list object[来自NB生成的原始计数，创建列表对象]
y <- matrix(rnbinom(80,size=1,mu=10),nrow=20)
d <- DGEList(counts=y,group=rep(1:2,each=2),lib.size=rep(c(1000:1001),2))
rownames(d$counts) <- paste("tag",1:nrow(d$counts),sep=".")
# estimate common dispersion and find differences in expression[估计共同分散和寻找差异表达]
# here we demonstrate the 'exact' methods, but the use of topTags is[在这里，我们证明了“精确”的方法，但使用topTags]
# the same for a GLM analysis[为GLM分析]
d <- estimateCommonDisp(d)
de <- exactTest(d)
# look at top 10[看看排名前10位]
topTags(de)
# Can specify how many tags to view[可以指定多少标签来查看]
tp <- topTags(de, n=15)
# Here we view top 15[在这里，我们查看前15名]
tp
# Or order by fold change instead[或秩序的变化，而不是由倍]
topTags(de,sort.by="logFC")
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发表于 2012-2-25 17:10:52
