plotExonUsage(edgeR)
plotExonUsage()所属R语言包：edgeR
Create a Plot of Exon Usage from Exon-Level Count Data
从外显子级计数数据创建一个外显子用法的图
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Create a plot of exon usage for a given gene by plotting the (un)transformed counts for each exon, coloured by experimental group.
（联合国）转化计数为每个外显子，实验组彩色绘制，创建一个特定基因的外显子的使用图。
用法----------Usage----------
plotExonUsage(y, geneID, group=NULL, transform="none", counts.per.million=TRUE, legend.coords=NULL, ...)
参数----------Arguments----------
参数：y
either a matrix of exon-level counts, a list containing a matrix of counts for each exon or a DGEList object with (at least) elements counts (table of counts summarized at the exon level) and samples (data frame containing information about experimental group, library size and normalization factor for the library size). Each row of y should represent one exon.
无论是外显子的罪名，一个列表，包含每一个外显子数矩阵或DGEList（至少）元素counts（总结外显子水平的计数表）对象和矩阵samples（数据框包含有关资料库的大小，实验组库的大小和归一化因子）。每个y行应该代表一个外显子。
参数：geneID
character string giving the name of the gene for which exon usage is to be plotted.
字符串是要绘制基因外显子的使用名称。
参数：group
factor supplying the experimental group/condition to which each sample (column of y) belongs. If NULL (default) the function will try to extract if from y, which only works if y is a DGEList object.
因素提供实验组/条件，每个样品属于（y列）。如果NULL（默认）函数将尝试提取如果从y，这只是如果y是DGEList对象。
参数：transform
character, supplying the method of transformation to be applied to the exon counts, if any. Options are "none" (original counts are preserved), "sqrt" (square-root transformation) and "log2" (log2 transformation). Default is "none".
字符，提供改造的方法被应用到外显子数，如果有的话。选项是"none"（原罪名被保留），"sqrt"（平根变换）和"log2"（log2转换）。默认"none"。
参数：counts.per.million
logical, if TRUE then counts per million (as determined from total library sizes) will be plotted for each exon, if FALSE the raw read counts will be plotted. Using counts per million effectively normalizes for different read depth among the different samples, which can make the exon usage plots easier to interpret.
逻辑，如果TRUE然后每百万计数（从总库大小确定）将绘制为每个外显子，如果FALSE原料读计数将绘制。有效地使用每百万计数标准化之间不同的样品，它可以使外显子的使用图更容易解释为不同的阅读深度。
参数：legend.coords
optional vector of length 2 giving the x- and y-coordinates of the legend on the plot. If NULL (default), the legend will be automatically placed near the top right corner of the plot.
向量长度可选2 x和图的传说Y-坐标。如果NULL（默认），传说将自动放在图右上角附近。
参数：...
optional further arguments to be passed on to plot.
进一步可选的参数被传递到plot。
Details
详情----------Details----------
This function produces a simple plot for comparing exon usage between different experimental conditions for a given gene.
该函数产生不同的实验条件之间的一个特定基因的外显子的使用比较简单的图。
值----------Value----------
plotExonUsage (invisibly) returns the transformed matrix of counts for the gene being plotted and produces a plot to the current device.
plotExonUsage（不可见）返回的罪名被绘制基因转化矩阵和当前设备产生的图。
作者（S）----------Author(s)----------
Davis McCarthy, Gordon Smyth
参见----------See Also----------
spliceVariants for methods to detect genes with evidence for alternative exon usage.
spliceVariants方法检测基因外显子替代使用的证据。
举例----------Examples----------
# generate exon counts from NB, create list object[来自NB产生外显子数，创建列表对象]
y<-matrix(rnbinom(40,size=1,mu=10),nrow=10)
rownames(y) <- rep(c("gene.1","gene.2"), each=5)
d<-DGEList(counts=y,group=rep(1:2,each=2))
plotExonUsage(d, "gene.1")
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发表于 2012-2-25 17:09:18
