equalizeLibSizes(edgeR)
equalizeLibSizes()所属R语言包：edgeR
Quantile Adjustment to Equalize Library Sizes for a Fixed Value of the Dispersion Parameter
位数调整为定值的色散参数均衡图书馆大小
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
A function that uses a NB quantile-to-quantile method to adjust the libraries of counts so that library sizes are equal for a fixed value of the dispersion parameter.
一个功能，使用NB的位数，位数法调整计数的图书馆，使图书馆的大小是平等的色散参数的固定值。
用法----------Usage----------
equalizeLibSizes(object, disp=0, N=exp(mean(log(object$samples$lib.size*object$samples$norm.factors))),null.hypothesis=FALSE)
参数----------Arguments----------
参数：object
DGEList object containing the raw counts with elements counts (table of counts), group (vector indicating group) and lib.size (vector of library sizes)
DGEList对象，其中包含的元素counts（计数表）原始计数，group（向量组）和lib.size（库大小的向量）
参数：disp
numeric scalar or vector of dispersion parameters; if a scalar, then a common dispersion parameter is used for all tags
如果一个标量，那么一个共同的色散参数的所有标签中使用的数字标或dispersion参数向量;
参数：N
numeric scalar, the library size to normalize to; default is the geometric mean of the original library sizes
数字标量，库的大小标准化;默认是原库大小的几何平均数
参数：null.hypothesis
logical, whether to calculate the input.mean and output.mean under the null hypothesis; default is FALSE
逻辑，是否计算input.mean和output.mean零假设下，默认是FALSE
Details
详情----------Details----------
The function equalizeLibSizes provides the necessary framework and calculations to call q2qnbinom, for given value(s) of the dispersion parameter. The function q2qnbinom actually generates the pseudocounts, the counts that have been adjusted for normalized library sizes. These pseudocounts are required to estimate the dispersion parameter, as the methods used by estimateCommonDisp and estimateTagwiseDisp rely on the assumption of equal library sizes. This function calls estimatePs to estimate the expression proportion for each tag, which is needed to calculate the input.mean and output.mean for each tag, which are passed to q2qnbinom along with the unadjusted counts and the fixed value(s) for the dispersion parameter.
的功能equalizeLibSizes提供了必要的框架，并计算调用q2qnbinom，给定值的分散性参数（S）。函数q2qnbinom实际生成pseudocounts的，已调整为归库大小的计数。这些pseudocounts都需要来估计作为estimateCommonDisp和estimateTagwiseDisp依靠平等库大小的假设上所使用的方法，参数，分散。此函数调用estimatePs估计每个标签的表达比例，这是需要计算input.mean和output.mean每个标签，这是传递给q2qnbinom随着未经调整的数量和色散参数的固定值（S）。
值----------Value----------
A list with elements
与元素列表
参数：pseudo
numeric matrix of pseudocounts, i.e. adjusted counts for equalized libraries
的pseudocounts，为即扳平图书馆的调整计数的数字矩阵
参数：conc
list with elements conc.common (vector giving overall proportion/concentration for each tag), and conc.group (matrix with columns giving estimates of tag/gene concentrations (proportion of total RNA for that group that that particular tag/gene contributes) for different groups); output from estimatePs
元素的列表conc.common（向量给每个标签的整体比例/浓度），conc.group（矩阵列标记/基因浓度（该组的总RNA的比例估计，这一特定的标签/基因贡献）为不同的群体）;输出从estimatePs
参数：N
normalized library size
归一化库的大小
作者（S）----------Author(s)----------
Mark Robinson, Davis McCarthy
举例----------Examples----------
y<-matrix(rnbinom(10000,size=2,mu=10),ncol=4)
d<-DGEList(counts=y,group=rep(1:2,each=2),lib.size=rep(c(1000,1010),2))
ps<-estimatePs(d,r=2)
q2q.out<-equalizeLibSizes(d,disp=0.5,null.hypothesis=FALSE)
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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 17:06:16
