R语言 edgeR包 decideTestsDGE()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

decideTestsDGE(edgeR)
decideTestsDGE()所属R语言包：edgeR

                                        Multiple Testing Across Genes and Contrasts
                                         在基因和对比多个测试

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Classify a series of related differential expression statistics as up, down or not significant. A number of different multiple testing schemes are offered which adjust for multiple testing down the genes as well as across contrasts for each gene.
分类的一系列相关的差异表达统计升，下降或不显着。提供一些不同的多个测试计划，调整下来的基因，每个基因的对比，以及跨多个测试。


用法----------Usage----------


decideTestsDGE(object, adjust.method="BH", p.value=0.05)



参数----------Arguments----------

参数：object
deDGElist object, output from exactTest, or DGELRT object, output from DGELRT, from which p-values for differential expression and log-fold change values may be extracted.
deDGElist对象，从exactTest或DGELRT对象，从DGELRT，p值的差异表达和log倍的变化值可以提取输出输出。


参数：adjust.method
character string specifying p-value adjustment method.  Possible values are "none", "BH", "fdr" (equivalent to "BH"), "BY" and "holm". See p.adjust for details.
字符串指定的P-值调整的方法。可能的值是"none"，"BH"，"fdr"（相当于"BH"）"BY"和"holm"。看到p.adjust详情。


参数：p.value
numeric value between 0 and 1 giving the desired size of the test
0和1之间的数值，测试所需的大小


Details

详情----------Details----------

These functions implement multiple testing procedures for determining whether each log-fold change in a matrix of log-fold changes should be considered significantly different from zero.
这些功能实现多个测试程序，用于确定log倍变化的矩阵中的每个log倍的变化是否应被视为显着异于零。


值----------Value----------

An object of class TestResults (see TestResults). This is essentially a numeric matrix with elements -1, 0 or 1 depending on whether each DE p-value is classified as significant with negative log-fold change, not significant or significant with positive log-fold change, respectively.
一个类的对象TestResults（见TestResults）。这实质上是一种数字矩阵元素-1，0或1取决于每个DE p值是否显着的负对数倍的变化，不显着或与正向显着log倍的变化，分别为。


作者（S）----------Author(s)----------


Davis McCarthy, Gordon Smyth



参见----------See Also----------

Adapted from decideTests in the limma package.
改编decideTests在limma包。

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注：
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