R语言 edgeR包 condLogLikDerDelta()函数中文帮助文档(中英文对照)

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condLogLikDerDelta(edgeR)
condLogLikDerDelta()所属R语言包：edgeR

                                        Conditional Log-Likelihood in Terms of Delta
                                         有条件的对数似然Delta条款

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Conditional negative binomial log-likelihood parameterized in terms of delta (phi / (phi+1))
条件负二项分布的log，在Delta上的可能性参数（phi / (phi+1)）


用法----------Usage----------


condLogLikDerDelta(y, delta, grid = TRUE, der = 1, doSum = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：y
matrix with count data (or pseudocounts)
计数数据矩阵（或pseudocounts）


参数：delta
delta (phi / (phi+1))parameter of negative binomial
Delta（phi / (phi+1)）负二项分布参数


参数：grid
logical, whether to calculate a grid over the values of delta
逻辑，是否超过Delta值计算网格


参数：der
derivative, either 0 (the function), 1 (first derivative) or 2 (second derivative)
衍生工具，0（功能），1（一阶导数）或2（二阶导数）


参数：doSum
logical, whether to sum over samples or not (default TRUE
逻辑，无论是总结或不超过样本（默认TRUE


Details

详情----------Details----------

This function computes the individual tag conditional log-likelihood for each tag. It is necessary for computing both the common conditional log-likelihood and the weighted conditional log-likelihood, which are used to find the common and tagwise (moderated) estimates of the dipsersion parameter. The delta scale for convenience (delta is bounded between 0 and 1).
此函数计算每个标签的个人标签有条件log的可能性。计算双方的共同条件记录的可能性，并加权有条件log的可能性，这是用来寻找共同tagwise（主持）的dipsersion参数估计是必要的。为方便起见，增量规模（Delta界之间的0和1）。


值----------Value----------

vector or matrix of function/derivative evaluations
功能/衍生评价向量或矩阵


作者（S）----------Author(s)----------


Mark Robinson, Davis McCarthy



参见----------See Also----------

commonCondLogLikDerDelta and weightedCondLogLikDerDelta rely on condLogLikDerDelta, and at a user level, estimateCommonDisp and estimateTagwiseDisp are used to estimate the common and (moderated) tagwise dispersion estimates, respectively. condLogLikDerDelta calls condLogLikDerSize, the function that does the mathematical calculations.
commonCondLogLikDerDelta和weightedCondLogLikDerDelta靠condLogLikDerDelta，并在用户层面，estimateCommonDisp和estimateTagwiseDisp来估计的共同（主持）tagwise分散估计，分别。 condLogLikDerDelta要求condLogLikDerSize，做数学计算功能。


举例----------Examples----------


y1<-matrix(rnbinom(10,size=1,mu=10),nrow=5)
v1<-seq(.1,.9,length=9)
ll1<-condLogLikDerDelta(y1,v1,grid=TRUE,der=0,doSum=FALSE)
ll2<-condLogLikDerDelta(y1,delta=.5,grid=FALSE,der=0)

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