binomTest(edgeR)
binomTest()所属R语言包：edgeR
Exact Binomial Tests for Comparing Two Digital Libraries
比较两个数字图书馆的精确二项式测试
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Computes p-values for differential abundance for each tag between two digital libraries, conditioning on the total count for each tag. The counts in each group as a proportion of the whole are assumed to follow a binomial distribution.
丰富每个标签之间的数字图书馆，每个标签总数的空调差计算p值。作为一个整体的比例在各组的罪名被假定遵循二项分布。
用法----------Usage----------
binomTest(y1, y2, n1=sum(y1), n2=sum(y2), p=n1/(n1+n2))
参数----------Arguments----------
参数：y1
integer vector giving counts in first library. Non-integer values are rounded to the nearest integer.
整数向量中的第一个库的罪名。非整数值四舍五入到最接近的整数。
参数：y2
integer vector giving counts in second library. Of same length as x. Non-integer values are rounded to the nearest integer.
整数向量，在第二个库的罪名。 x的长度相同。非整数值四舍五入到最接近的整数。
参数：n1
total number of tags in first library. Non-integer values are rounded to the nearest integer. Not required if p is supplied.
标签中的第一个库的总数。非整数值四舍五入到最接近的整数。不需要，如果p提供。
参数：n2
total number of tags in second library. Non-integer values are rounded to the nearest integer. Not required if p is supplied.
第二个库的总数，标签。非整数值四舍五入到最接近的整数。不需要，如果p提供。
参数：p
expected proportion of y1 to the total under the null hypothesis.
零假设下预计的总比例的Y1。
Details
详情----------Details----------
This function can be used to compare two libraries from SAGE, RNA-Seq, ChIP-Seq or other sequencing technologies with respect to technical variation.
此功能可以用来比较两个库，鼠尾草，RNA的序列，与芯片的SEQ或其他有关技术变化的测序技术。
An exact two-sided binomial test is computed for each tag. This test is closely related to Fisher's exact test for 2x2 contingency tables but, unlike Fisher's test, it conditions on the total number of counts for each tag. The null hypothesis is that the expected counts are in the same proportions as the library sizes, i.e., that the binomial probability for the first library is n1/(n1+n2).
一个确切的双面二项式测试计算每个标签。这项测试是费舍尔的2×2列联表的精确检验，但密切相关的，费舍尔的测试不同，它在每个标签的罪名总数的条件。零假设是预期的计数库的大小，也就是说，二项式概率为第一库是n1/(n1+n2)相同的比例。
The two-sided rejection region is chosen analogously to Fisher's test. Specifically, the rejection region consists of those values with smallest probabilities under the null hypothesis.
双面拒绝区域选择类似费希尔的测试。具体来说，拒绝域下的零假设的概率最小的值。
When the counts are reasonably large, the binomial test, Fisher's test and Pearson's chisquare all give the same results. When the counts are smaller, the binomial test is usually to be preferred in this context.
当计数是相当大的，二项式测试，费舍尔的检验和Pearson的卡方都给予了相同的结果。当计数较小，二项式测试通常是要在这方面的首选。
This function replaces the earlier sage.test functions in the statmod and sagenhaft packages. It produces the same results as binom.test in the stats packge, but is much faster.
这个功能取代在statmod和sagenhaft包的早sage.test功能。它产生binom.test统计装箱率相同的结果，但速度要快得多。
值----------Value----------
Numeric vector of p-values.
数字矢量p值。
作者（S）----------Author(s)----------
Gordon Smyth
参考文献----------References----------
参见----------See Also----------
sage.test (statmod package), binom.test (stats package)
sage.test（statmod包），binom.test（统计包）
举例----------Examples----------
binomTest(c(0,5,10),c(0,30,50),n1=10000,n2=15000)
# Univariate equivalents:[单因素现金等价物：]
binom.test(5,5+30,p=10000/(10000+15000))$p.value
binom.test(10,10+50,p=10000/(10000+15000))$p.value
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
|
发表于 2012-2-25 17:03:33
