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adjustedProfileLik(edgeR)
adjustedProfileLik()所属R语言包：edgeR

                                        Compute Cox-Reid Adjusted Profile Likelihood for Negative Binomial GLMs
                                         计算COX-里德负二项式GLMs的调整后的个人资料的可能性

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Compute the Cox-Reid Adjusted Profile-likelihood for many negative binomial (NB) GLMs.
许多负二项分布（注）GLMs的计算COX-里德调整后的个人资料的可能性。


用法----------Usage----------


adjustedProfileLik(dispersion, y, design, offset, adjust=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：dispersion
numeric scalar or vector giving the dispersion(s) towards which the tagwise dispersion parameters are shrunk.
数字标量或矢量色散（S），对其中的tagwise色散参数缩水。


参数：y
numeric matrix of counts
数字矩阵的计数


参数：design
numeric matrix giving the design matrix for the GLM that is to be fit.
数字矩阵提供的GLM是适合的设计矩阵。


参数：offset
numeric scalar, vector or matrix giving the offset (in addition to the log of the effective library size) that is to be included in the NB GLM for the transcripts. If a scalar, then this value will be used as an offset for all transcripts and libraries. If a vector, it should be have length equal to the number of libraries, and the same vector of offsets will be used for each transcript. If a matrix, then each library for each transcript can have a unique offset, if desired. In adjustedProfileLik the offset must be a matrix with the same dimension as the table of counts.
数字标量，向量或矩阵给抵消（除了的有效库容量的log）是被包括在NB的GLM的成绩单。如果一个标量，那么这个值将被用作所有成绩单和库中的偏移量。如果一个向量，它应该有长度等于数字图书馆，将每个成绩单使用相同的偏移向量。如果一个矩阵，然后每个谈话的每个库可以有独特的偏移，如果需要的话。在adjustedProfileLikoffset必须与计数表的同一维度的矩阵。


参数：adjust
logical, if TRUE then Cox-Reid adjustment is made to the log-likelihood, if FALSE then the log-likelihood is returned without adjustment. Default is TRUE.
逻辑，如果TRUE然后COX-里德调整log的可能性，如果FALSE然后log的可能性是没有调整返回。默认TRUE。


Details

详情----------Details----------

In the edgeR context, adjustedProfileLik is a low-level function necessary for estimating dispersion parameters for NB GLMs.
在edgeR背景下，adjustedProfileLik是一个低级别的功能为估计注GLMs分散参数。


值----------Value----------

adjustedProfileLik produces a vector of Cox-Reid adjusted profile likelihoods for the given counts, dispersion  value, offset and design matrix (i.e. the APL for each gene/tag), which has the same length as the number of rows of the count datamatrix y.
adjustedProfileLik产生的COX-里德调整轮廓似然性计数，色散值，偏移和设计矩阵（即每个基因/标签，APL），行数相同长度的向量计数的DataMatrixy。


作者（S）----------Author(s)----------


Yunshun Chen, Gordon Smyth



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

dispCoxReidInterpolateTagwise, estimateGLMTagwiseDisp, maximizeInterpolant
dispCoxReidInterpolateTagwise，estimateGLMTagwiseDisp，maximizeInterpolant


举例----------Examples----------


y <- matrix(rnbinom(1000, mu=10, size=2), ncol=4)
design <- matrix(1, 4, 1)
dispersion <- 0.5
apl <- adjustedProfileLik(dispersion, y, design, offset=0)
apl

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