R语言 EDASeq包 biasPlot-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

biasPlot-methods(EDASeq)
biasPlot-methods()所属R语言包：EDASeq

                                          Methods for Function biasPlot in Package EDASeq
                                         为函数在包装EDASeq biasPlot方法

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

biasPlot produces a plot of the lowess regression of the counts on a covariate of interest, tipically the GC-content or the length of the genes.
biasPlot产生的利息协，GC含量tipically或基因的长度计数lowess回归的图。


方法----------Methods----------

It plots a line representing the regression of every column of the matrix x on the numeric covariate y. One can pass the usual graphical parameters as additional arguments (see par).
它绘制一条线，代表每列的矩阵x数字协y回归。一个可以作为额外的参数传递通常的图形参数（见par）。

It plots a line representing the regression of every lane in x on the covariate specified by y. y must be one of the column of the featureData slot of the x object. By default it is color-coded according to the first column of phenoData.
它绘制一条线，每车道的回归xy指定的协。 y必须featureDatax对象插槽列之一。默认情况下它是根据颜色编码的第一列phenoData。


举例----------Examples----------


library(yeastRNASeq)
data(geneLevelData)
data(yeastGC)

sub <- intersect(rownames(geneLevelData),names(yeastGC))

mat <- as.matrix(geneLevelData[sub,])

data <- newSeqExpressionSet(mat,phenoData=AnnotatedDataFrame(data.frame(conditions=factor(c("mut","mut","wt","wt")),row.names=colnames(geneLevelData))),featureData=AnnotatedDataFrame(data.frame(gc=yeastGC[sub])))

biasPlot(data,"gc",ylim=c(0,5),log=TRUE)


转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。