R语言 EDASeq包 biasBoxplot-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

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biasBoxplot-methods(EDASeq)
biasBoxplot-methods()所属R语言包：EDASeq

                                          Methods for Function biasBoxplot in Package EDASeq
                                         为函数在包装EDASeq biasBoxplot方法

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

biasBoxplot produces a boxplot representing the distribution of a quantity of interest (e.g. gene counts, log-fold-changes, ...) stratified by a covariate (e.g. gene length, GC-contet, ...).
biasBoxplot产生一个盒形图（如基因的长度，GC-contet，代表利益的数量（如基因计数，log倍的变化，...）由协分层分布...）。


用法----------Usage----------


biasBoxplot(x,y,num.bins,...)



参数----------Arguments----------

参数：x
A numeric vector with the quantity of interest (e.g. gene counts, log-fold-changes, ...)
一个数值向量与数量的利息（如基因计数，log倍的变化，...）


参数：y
A numeric vector with the covariate of interest (e.g. gene length, GC-contet, ...)
一个数值向量与利益的协变量（如基因的长度，GC-contet，...）


参数：num.bins
A numeric value specifying the number of bins in wich to stratify y. Default to 10.
在wich指定的垃圾箱数量的数值分层y。默认为10。


参数：...
See par
看到par


方法----------Methods----------

It plots a line representing the regression of every column of the matrix x on the numeric covariate y. One can pass the usual graphical parameters as additional arguments (see par).
它绘制一条线，代表每列的矩阵x数字协y回归。一个可以作为额外的参数传递通常的图形参数（见par）。


举例----------Examples----------


library(yeastRNASeq)
data(geneLevelData)
data(yeastGC)

sub <- intersect(rownames(geneLevelData),names(yeastGC))

mat <- as.matrix(geneLevelData[sub,])

data <- newSeqExpressionSet(mat,phenoData=AnnotatedDataFrame(data.frame(conditions=factor(c("mut","mut","wt","wt")),row.names=colnames(geneLevelData))),featureData=AnnotatedDataFrame(data.frame(gc=yeastGC[sub])))

lfc <- log(geneLevelData[sub,3]+1) - log(geneLevelData[sub,1]+1)

biasBoxplot(lfc,yeastGC[sub],las=2,cex.axis=.7)


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