R语言 dualKS包 dksCustomClass()函数中文帮助文档(中英文对照)

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dksCustomClass(dualKS)
dksCustomClass()所属R语言包：dualKS

                                         Create a classification object from predefined gene signature.
                                         创建一个分类对象从预定义的基因签名。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This utility function will build a DKSClassifier object  from your own list of gene ids for use by dksClassify.  This is useful if you want to use the classification funtionality of  this package, but already have gene signatures you want to use (as  opposed to generating them with dksTrain.
这个实用功能，将建立从您自己的名单基因IDSDKSClassifierdksClassify对象。这是非常有用的，如果你想使用这个包的分类funtionality，但已经有您要使用的基因签名（而不是产生dksTrain。


用法----------Usage----------


dksCustomClass(upgenes=NULL, upclass=NULL, downgenes=NULL, downclass=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：upgenes
A vector of gene ids that are upregulated in the classes  of intereset.  Note that upgenes and downgenes need not both be  specified, but at least one must be.
一个基因IDS在类intereset上调的向量。请注意，需要同时指定upgenes和downgenes，但必须至少有一个。


参数：upclass
A vector or factor of classes specifying which signature  each gene in upgenes belongs to.  (Note that upgenes can describe  an arbitrary number of classes, and the order of upgenes is not  important so long as the position of ids in upgenes and the position  of classes in upclass correspond to one another).
一个向量或指定签名每个基因在upgenes属于类的因素。 （注，，upgenes可以描述类的任意数量的，为了upgenes的并不重要，所以只要在upgenes位置ID和类，upclass对应到另一个位置）。


参数：downgenes
A vector of gene ids that are downregulated in the classes  of intereset.  Note that upgenes and downgenes need not both be  specified, but at least one must be.
的ID是intereset类下调的基因向量。请注意，需要同时指定upgenes和downgenes，但必须至少有一个。


参数：downclass
A vector or factor of classes specifying which signature  each gene in downgenes belongs to.  (Note that downgenes can describe  an arbitrary number of classes, and the order of downgenes is not  important so long as the position of ids in downgenes and the position  of classes in downclass correspond to one another).
一个向量或指定签名每个基因在downgenes属于类的因素。 （注，，downgenes可以描述类的任意数量的，为了downgenes的并不重要，所以只要在downgenes位置ID和类，downclass对应到另一个位置）。


值----------Value----------

An object of class DKSClassifier.
对象类DKSClassifier。


作者（S）----------Author(s)----------


Eric J. Kort, Yarong Yang



参见----------See Also----------

dksTrain, dksSelectGenes, dksClassify, DKSGeneScores, DKSPredicted,
dksTrain，dksSelectGenes，dksClassify，DKSGeneScores，DKSPredicted


举例----------Examples----------



        data("dks")
        up <- rownames(exprs(eset))[1:300]
        cls <- factor(rep(c(1,2,3), 100))
        classifier <- dksCustomClass(upgenes=up, upclass=cls)

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