R语言 DTA包 DTA.generate()函数中文帮助文档(中英文对照)

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DTA.generate(DTA)
DTA.generate()所属R语言包：DTA

                                        Simulation of DTA experiments
                                         安排实验模拟

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

DTA.generate produces the phenotype matrix and the matrix containing the simulated data according to the given parameters.
DTA.generate生产型矩阵和矩阵，包含模拟数据，根据给定的参数。


用法----------Usage----------


DTA.generate(timepoints, tnumber = NULL, plabel = NULL, nrgenes = 5000, mediantime = 12, ccl = 150, delaytime = 0, sdnoise = 0.075, nobias = FALSE, unspecific.LtoU = 0, unspec.LtoU.weighted = FALSE, unspecific.UtoL = 0, unspec.UtoL.weighted = FALSE, truehalflives = NULL, truecomplete = NULL, genenames = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：timepoints
Integer vector containing the labeling times for which the samples should be generated.
整数向量标签的样品应生成的时间。


参数：tnumber
Integer vector containing the number of uridine residues for each gene. If NULL, tnumber is sampled from an F-distribution within the function.
整数向量中的每个基因尿苷残留。如果为NULL，tnumber从F分布函数内的采样。


参数：plabel
The labeling efficiency. If NULL, plabel is set to 0.005 within the function. For details, see the vignette.
标记效率。如果为NULL，plabel到0.005，在功能设置。有关详细信息，看到的小插曲。


参数：nrgenes
The number of genes the simulated experiment will have (will be cropped if it exceeds the length of tnumber).
将裁剪的基因数目的模拟实验，将有（如果它超出，长度tnumber）。


参数：mediantime
The median of the randomly drawn half-life distribution.
随机抽取的半衰期分布的中位数。


参数：ccl
The cell cycle length (in minutes).
单元周期的长度（分钟）。


参数：delaytime
Estimates the delay between the moment of 4sU/4tU labeling and actual incorporation of it into mRNA.
估计时刻4sU/4tU标签和它的实际表达纳入之间的延迟。


参数：sdnoise
The amount of measurement noise (proportional to expression strength).
测量噪声量（表达强度成正比）。


参数：nobias
Should a labeling bias be added?
应添加标签偏见？


参数：unspecific.LtoU
Proportion of labeled RNAs that unspecifically end up in the unlabeled fraction.
标记的RNA，unspecifically结束在未标记的分数比例。


参数：unspec.LtoU.weighted
Should unspecific proportion of labeled to unlabeled depend linearly on the length of the RNA?
应的标记，以未标注不具体比例取决于线性RNA的长度？


参数：unspecific.UtoL
Proportion of unlabeled RNAs that unspecifically end up in the labeled fraction.
未标记的RNA，unspecifically结束标记部分的比例。


参数：unspec.UtoL.weighted
Should unspecific proportion of unlabeled to labeled depend linearly on the length of the RNA?
应空泛的比例未标注标记的线性依赖于RNA的长度？


参数：truehalflives
If the data should be generated using a given half-life distribution, this vector must contain the respective values for each gene.
如果数据应使用一个给定的半衰期分布产生，这种向量必须包含每个基因各自的值。


参数：truecomplete
If the data should be generated using a given expression distribution, this vector must contain the respective values for each gene.
如果数据应使用特定的表达分布产生，这种向量必须包含每个基因各自的值。


参数：genenames
An optional list of gene names.
基因名称的可选列表。


值----------Value----------

DTA.generate returns a list, containing the following entries
DTA.generate返回一个列表，包含以下项目


参数：phenomat
A matrix, containing the design of the experiment as produced by DTA.phenomat.
A矩阵，包含由DTA.phenomat生产实验设计。


参数：datamat
A matrix, containing the simulated measurements from U, L and T, according to the design given in phenomat.
A矩阵，包含从U，L和T模拟测量，根据在phenomat设计。


参数：tnumber
Integer vector containing the number of uridine residues for each gene.
整数向量中的每个基因尿苷残留。


参数：ccl
The cell cycle length (in minutes).
单元周期的长度（分钟）。


参数：truecomplete
A vector, containing the true amount of total RNA.
一个向量，含总RNA的真实数额。


参数：truelambdas
A vector, containing the true decay rates.
一个向量，含有真正的衰变率。


参数：truemus
A vector, containing the true synthesis rates.
一个向量，含有真正的合成率。


参数：truehalflives
A vector, containing the true half-lives.
一个向量，含有真正的半衰期。


参数：trueplabel
The true labeling efficiency. For details, see the vignette.
真正的标记效率。有关详细信息，看到的小插曲。


参数：truear
The true parameter ar. For details, see the vignette.
真正的AR参数。有关详细信息，看到的小插曲。


参数：truebr
The true parameter br. For details, see the vignette.
真正的参数BR。有关详细信息，看到的小插曲。


参数：truecr
The true parameter cr. For details, see the vignette.
真实参数训练班。有关详细信息，看到的小插曲。


参数：truecrbyar
The true parameter cr/ar. For details, see the vignette.
真正的参数CR / AR。有关详细信息，看到的小插曲。


参数：truecrbybr
The true parameter cr/br. For details, see the vignette.
真正的参数CR / BR。有关详细信息，看到的小插曲。


参数：truebrbyar
The true parameter br/ar. For details, see the vignette.
真正的参数BR / AR。有关详细信息，看到的小插曲。


参数：trueLasymptote
The true parameter asymptote (labeled bias). For details, see the vignette.
真实参数渐近（标有偏见）。有关详细信息，看到的小插曲。


参数：trueUasymptote
The true parameter asymptote (unlabeled bias). For details, see the vignette.
真实参数渐近（未标注偏差）。有关详细信息，看到的小插曲。


作者（S）----------Author(s)----------


Bjoern Schwalb <a href="mailto:schwalb@lmb.uni-muenchen.de">schwalb@lmb.uni-muenchen.de</a>



参考文献----------References----------



举例----------Examples----------


sim.object = DTA.generate(timepoints=rep(c(6,12),2))

res.sim = DTA.estimate(ratiomethod = "bias",simulation = TRUE,sim.object = sim.object,labeling = FALSE,rankpairs = FALSE,assessment = FALSE,correlation = FALSE)

dev.off()

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