DTA.dynamic.generate(DTA)
DTA.dynamic.generate()所属R语言包：DTA
Simulation of DTA experiments upon perturbation
扰动后的DTA实验模拟
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
DTA.dynamic.generate produces the phenotype matrix and the matrix containing the simulated data according to the given parameters.
DTA.dynamic.generate生产型矩阵和矩阵，包含模拟数据，根据给定的参数。
用法----------Usage----------
DTA.dynamic.generate(duration = 60,lab.duration = 6,tnumber = NULL,plabel = NULL,nrgenes = 5000,mediantime.halflives = 12,mediantime.synthesisrates = 18,n = 1,ccl = NULL,check = TRUE,plots = FALSE,save.plots = FALSE,folder = NULL,condition = "",addformat = NULL,sdnoise = 0.075,nobias = FALSE,unspecific.LtoU = 0,unspec.LtoU.weighted = FALSE,unspecific.UtoL = 0,unspec.UtoL.weighted = FALSE,mu.values.mat = NULL,mu.breaks.mat = NULL,lambda.values.mat = NULL,lambda.breaks.mat = NULL,truehalflives = NULL,truesynthesisrates = NULL,genenames = NULL)
参数----------Arguments----------
参数：duration
duration of the whole time course (min)
整个过程持续时间（分钟）
参数：lab.duration
labeling duration for single experiments (min)
标签单一实验的持续时间（分钟）
参数：tnumber
Integer vector containing the number of uridine residues for each gene. If NULL, tnumber is sampled from an F-distribution within the function.
整数向量中的每个基因尿苷残留。如果为NULL，tnumber从F分布函数内的采样。
参数：plabel
The labeling efficiency. If NULL, plabel is set to 0.005 within the function. For details, see the vignette.
标记效率。如果为NULL，plabel到0.005，在功能设置。有关详细信息，看到的小插曲。
参数：nrgenes
The number of genes the simulated experiment will have (will be cropped if it exceeds the length of tnumber).
将裁剪的基因数目的模拟实验，将有（如果它超出，长度tnumber）。
参数：mediantime.halflives
the median of the half life distribution
半衰期分布的中位数
参数：mediantime.synthesisrates
the median of the synthesis rates distribution (counts/cell/cellcycle)
合成率分布（计数/单元/ cellcycle的）的中位数
参数：n
the number of cells N(0)
单元数N（0）
参数：ccl
The cell cycle length (in minutes).
单元周期的长度（分钟）。
参数：check
if check=TRUE, control messages will be generated
如果检查= TRUE时，将生成控制消息
参数：plots
if plots = TRUE, control plots will be plotted
如果图= TRUE时，控制图绘制
参数：save.plots
if save.plots = TRUE, control plots will be saved
如果save.plots = TRUE时，对照图将被保存
参数：folder
folder, where to save the plots
文件夹，其中保存的图
参数：condition
to be added to the plotnames
添加的plotnames的
参数：addformat
additional fileformat for plots to be saved
要保存的档案格式为额外图
参数：sdnoise
The amount of measurement noise (proportional to expression strength).
测量噪声量（表达强度成正比）。
参数：nobias
Should a labeling bias be added?
应添加标签偏见？
参数：unspecific.LtoU
Proportion of labeled RNAs that unspecifically end up in the unlabeled fraction.
标记的RNA，unspecifically结束在未标记的分数比例。
参数：unspec.LtoU.weighted
Should unspecific proportion of labeled to unlabeled depend linearly on the length of the RNA?
应的标记，以未标注不具体比例取决于线性RNA的长度？
参数：unspecific.UtoL
Proportion of unlabeled RNAs that unspecifically end up in the labeled fraction.
未标记的RNA，unspecifically结束标记部分的比例。
参数：unspec.UtoL.weighted
Should unspecific proportion of unlabeled to labeled depend linearly on the length of the RNA?
应空泛的比例未标注标记的线性依赖于RNA的长度？
参数：mu.values.mat
if the data should be generated using given synthesis rates, this matrix must contain the respective values for each gene
如果数据应生成使用给定的合成率，这个矩阵必须包含各自的每个基因值
参数：mu.breaks.mat
timepoints of synthesis rate changes, this matrix must contain the respective values for each gene, only needed when mu.values.mat is given (one column less than mu.values.mat)
合成速率变化的时间点，这个矩阵必须包含每个基因各自的价值观，只需要给出mu.values.mat时（一列比mu.values.mat少）
参数：lambda.values.mat
if the data should be generated using given decay rates, this matrix must contain the respective values for each gene
如果数据应生成使用给定的衰变率，这个矩阵必须包含各自的每个基因值
参数：lambda.breaks.mat
timepoints of decay rate changes, this matrix must contain the respective values for each gene, only needed when lambda.values.mat is given (one column less than lambda.values.mat)
衰变率变化的时间点，这个矩阵必须包含每个基因各自的价值观，只需要给出lambda.values.mat时（一列比lambda.values.mat少）
参数：truehalflives
If the data should be generated using a given half-life distribution, this vector must contain the respective values for each gene.
如果数据应使用一个给定的半衰期分布产生，这种向量必须包含每个基因各自的值。
参数：truesynthesisrates
If the data should be generated using a given synthesis rates distribution, this vector must contain the respective values for each gene
如果数据应使用给定的合成率分布产生，这种向量必须包含各自的每个基因值
参数：genenames
An optional list of gene names.
基因名称的可选列表。
值----------Value----------
DTA.dynamic.generate returns a list, containing the following entries
DTA.dynamic.generate返回一个列表，包含以下项目
参数：phenomat
A matrix, containing the design of the experiment as produced by DTA.phenomat.
A矩阵，包含由DTA.phenomat生产实验设计。
参数：datamat
A matrix, containing the simulated measurements from U, L and T, according to the design given in phenomat.
A矩阵，包含从U，L和T模拟测量，根据在phenomat设计。
参数：tnumber
Integer vector containing the number of uridine residues for each gene.
整数向量中的每个基因尿苷残留。
参数：ccl
The cell cycle length (in minutes).
单元周期的长度（分钟）。
参数：truemus
A vector, containing the true synthesis rates.
一个向量，含有真正的合成率。
参数：truemusaveraged
A vector, containing the true synthesis rates, averaged over the labeling period.
一个向量，真正的合成率，平均超过标签期内。
参数：truelambdas
A vector, containing the true decay rates.
一个向量，含有真正的衰变率。
参数：truelambdasaveraged
A vector, containing the true decay rates, averaged over the labeling period.
一个向量，含有真正的衰变率，平均超过标签期内。
参数：truehalflives
A vector, containing the true half-lives.
一个向量，含有真正的半衰期。
参数：truehalflivesaveraged
A vector, containing the true half-lives, averaged over the labeling period.
一个向量，含有真正的半衰期，平均超过标签期内。
参数：trueplabel
The true labeling efficiency. For details, see the vignette.
真正的标记效率。有关详细信息，看到的小插曲。
参数：truecomplete
A vector, containing the true amount of total RNA.
一个向量，含总RNA的真实数额。
参数：truelambdas
A vector, containing the true decay rates.
一个向量，含有真正的衰变率。
参数：truemus
A vector, containing the true synthesis rates.
一个向量，含有真正的合成率。
参数：truehalflives
A vector, containing the true half-lives.
一个向量，含有真正的半衰期。
参数：trueplabel
The true labeling efficiency. For details, see the vignette.
真正的标记效率。有关详细信息，看到的小插曲。
参数：truear
The true parameter ar. For details, see the vignette.
真正的AR参数。有关详细信息，看到的小插曲。
参数：truebr
The true parameter br. For details, see the vignette.
真正的参数BR。有关详细信息，看到的小插曲。
参数：truecr
The true parameter cr. For details, see the vignette.
真实参数训练班。有关详细信息，看到的小插曲。
参数：truecrbyar
The true parameter cr/ar. For details, see the vignette.
真正的参数CR / AR。有关详细信息，看到的小插曲。
参数：truecrbybr
The true parameter cr/br. For details, see the vignette.
真正的参数CR / BR。有关详细信息，看到的小插曲。
参数：truebrbyar
The true parameter br/ar. For details, see the vignette.
真正的参数BR / AR。有关详细信息，看到的小插曲。
参数：trueLasymptote
The true parameter asymptote (labeled bias). For details, see the vignette.
真实参数渐近（标有偏见）。有关详细信息，看到的小插曲。
参数：trueUasymptote
The true parameter asymptote (unlabeled bias). For details, see the vignette.
真实参数渐近（未标注偏差）。有关详细信息，看到的小插曲。
作者（S）----------Author(s)----------
Bjoern Schwalb <a href="mailto:schwalb@lmb.uni-muenchen.de">schwalb@lmb.uni-muenchen.de</a>
参考文献----------References----------
举例----------Examples----------
nrgenes = 1000
truesynthesisrates = rf(nrgenes,5,5)*18
steady = rep(1,nrgenes)
shock = 1/pmax(rnorm(nrgenes,mean = 8,sd = 4),1)
induction = pmax(rnorm(nrgenes,mean = 8,sd = 4),1)
changes.mat = cbind(steady,shock,shock*induction)
mu.values.mat = changes.mat*truesynthesisrates
mu.breaks.mat = cbind(rep(12,nrgenes),rep(18,nrgenes))
truehalflives = rf(nrgenes,15,15)*12
truelambdas = log(2)/truehalflives
changes.mat = cbind(steady,shock,shock*induction,steady)
lambda.values.mat = changes.mat*truelambdas
lambda.breaks.mat = cbind(rep(12,nrgenes),rep(18,nrgenes),rep(27,nrgenes))
# it takes 2 min to build sim.object[它需要2分钟建立sim.object]
sim.object = DTA.dynamic.generate(duration = 36,lab.duration = 6,nrgenes = nrgenes,mu.values.mat = mu.values.mat,mu.breaks.mat = mu.breaks.mat,lambda.values.mat = lambda.values.mat,lambda.breaks.mat = lambda.breaks.mat)
res = DTA.dynamic.estimate(simulation = TRUE,sim.object = sim.object,labeling = FALSE,rankpairs = FALSE,assessment = FALSE,correlation = FALSE)
dev.off()
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
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发表于 2012-2-25 16:45:30
