R语言 DOSE包 DOParams-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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DOParams-class(DOSE)
DOParams-class()所属R语言包：DOSE

                                        Class "DOParams"
                                         类“DOParams”

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A DOParams contains parameters for calculating DO semantic similarity among DO term or Gene list.
一个DOParams包含计算不要做短期或基因列表之间的语义相似性的参数。


插槽----------Slots----------




IDs: containing a list of DO terms or Gene IDs.
IDs：包含DO的条款或基因标识的列表。




type: specify the type of IDs, one of "DOID", "GeneID".
type：指定的ID，一个“DOID”，“GeneID”的类型。




ontology: must set to "DO".
ontology：必须设置为“做”。




organism: currently, only "human" supported.
organism：目前，只有“人”的支持。




method: Method for calculating DO semantic similarity, one of "Resnik", "Jiang", "Lin", "Rel", "Wang".
method：计算方法，“江”的语义相似性，“雷斯尼克”，“林”，“相对”，“王”。




combine: Method for combining DO semantic similarity scores, one of "avg", "max", "rcmax", "rcmax.avg"
combine：方法相结合的语义相似度，一个“平均”，“最大”，“rcmax”，“rcmax.avg”




dropCodes: dropCodes for mapping Gene to DO Terms.
dropCodes：dropCodes使映射基因条款。


方法----------Methods----------

signature(object = "DOParams"): calculates semantic similarities of DOParams.
signature(object = "DOParams")：计算DOParams的语义相似性。


作者（S）----------Author(s)----------


Guangchuang Yu <guangchuangyu@gmail.com>



参见----------See Also----------

sim
sim


举例----------Examples----------


data(DO2EG)
set.seed(123)
id <- list(a=sample(names(DO2EG), 5),b= sample(names(DO2EG), 6))
## Setting Parameters...[＃设置参数...]
params <- new("DOParams", IDs=id, type="DOID", method="Wang", combine="rcmax.avg")
## Calculating Semantic Similarities...[＃计算语义相似度...]
sim(params)

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