R语言 domainsignatures包 getKEGGdata()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

getKEGGdata(domainsignatures)
getKEGGdata()所属R语言包：domainsignatures

                                        Fetch KEGG annotations and InterPro domains
                                         取的KEGG注释和InterPro的域

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Get all available KEGG annotations and InterPro domains for a set of entrezgene identifiers from the KEGG annotation package and from the ensembl biomaRt.
一套从KEGG注解包，和从ENSEMBLbiomaRt的entrezgene标识符获取所有可用的的KEGG注释和InterPro的域。


用法----------Usage----------


getKEGGdata(universe=NULL, pathways=NULL, ensemblMart="hsapiens_gene_ensembl")



参数----------Arguments----------

参数：universe
Character vector of entrezgene identifiers. This is the global universe of genes to test against.
字符向量entrezgene识别。这是全球宇宙的基因测试。


参数：pathways
Optional character vector of KEGG pathway identifiers. This can be used in order to test for over-representation of only a subset of all the available KEGG pathways.  
KEGG通路标识符可选的特征向量。这可以用来以测试只有所有可用的KEGG通路子集表示。


参数：ensemblMart
Character giving the type of Biomart to use. Defaults to Human Ensembl.  
给予的Biomart类型使用的字符。人类Ensembl的默认值。


Details

详情----------Details----------

This function is a wrapper around the KEGG annotation package and a customized query of the ensembl biomaRt database. For the gene identifiers in universe and all or a selection of KEGG pathways it will fetch the necessary information and create an object of class ipDataSource which can later be used
这个函数是一个KEGG注释包周围的包装和定制的ENSEMBLbiomaRt数据库查询。 universe全部或KEGG通路的选择将获取必要的信息，并创建一个类的对象的基因标识ipDataSource可后来被用于


值----------Value----------

An object of class ipDataSource.
对象类ipDataSource。


作者（S）----------Author(s)----------


Florian Hahne



参见----------See Also----------

gseDomain
gseDomain


举例----------Examples----------


if(interactive())
getKEGGdata()

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。