smooth.CNA(DNAcopy)
smooth.CNA()所属R语言包：DNAcopy
Smooth a ‘Copy Number Array’ data object
平滑“拷贝数阵列数据对象
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Detect outliers and smooth the data prior to analysis by programs such as circular binary segmentation (CBS).
检测离群点和顺利的数据分析之前，如循环二元分割（CBS）的节目。
用法----------Usage----------
smooth.CNA(x, smooth.region=10, outlier.SD.scale=4, smooth.SD.scale=2,
trim=0.025)
参数----------Arguments----------
参数：x
Copy number array data object
拷贝数的数组数据对象
参数：smooth.region
number of points to consider on the left and the right of a point to detect it as an outlier. (default=10)
数点考虑左侧和检测离群点的权利。 （默认值= 10）
参数：outlier.SD.scale
the number of SDs away from the nearest point in the smoothing region to call a point an outlier.
SDS的数量在平滑区域调用一个点离群的最近点距离。
参数：smooth.SD.scale
the number of SDs from the median in the smoothing region where a smoothed point is positioned.
SDS的平滑点定位在平滑区域的中位数。
参数：trim
proportion of data to be trimmed for variance calculation for smoothing outliers and undoing splits based on SD.
方差计算数据的比例进行修整平滑离群撤消分裂的SD。
值----------Value----------
An object of class CNA with outliers smoothed
CNA类的对象离群平滑
举例----------Examples----------
data(coriell)
#Combine into one CNA object to prepare for analysis on Chromosomes 1-23[结合成一个中央社的对象，准备进行分析，染色体1-23]
CNA.object <- CNA(cbind(coriell$Coriell.05296,coriell$Coriell.13330),
coriell$Chromosome,coriell$Position,
data.type="logratio",sampleid=c("c05296","c13330"))
#We generally recommend smoothing single point outliers before analysis[我们一般建议在分析单点离群平滑]
#Make sure to check that the smoothing is proper[确保检查是正确的平滑]
smoothed.CNA.object <- smooth.CNA(CNA.object)
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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 16:42:50
