exon.segment(DNAcopy)
exon.segment()所属R语言包：DNAcopy
Binary segmentation of exon data.
外显子数据的二元分割。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Compute the binary segmentation statistic, location and approximate p-value.
计算分割的二元统计，位置和近似的p值。
用法----------Usage----------
exon.segment(gene, eloc, edat, ngrid=100, tol=1e-6)
参数----------Arguments----------
参数：gene
gene names in the exon data
基因外显子数据名称
参数：eloc
exon locations within gene
内基因外显子的位置
参数：edat
exon expressions within gene
内基因外显子的表达
参数：ngrid
number grid points for the integral
积分网格点
参数：tol
tolerance level for calculating nu
公差等级为计算NU
Details
详情----------Details----------
The p-values are obtained by applying Siegmund's approximation for the maximal statistic from binary segmenting consecutive segments within a chromosome. These are one-sided test for an increase in expression.
通过申请从二进制的最大分割染色体内连续段的统计西格蒙德的近似P-值。这是片面的测试中表达增加。
值----------Value----------
a matrix with three columns. The maximal statistic from binary segmentation, its location and the p-values for each gene.
三列的矩阵。从二元分割的最大统计，它的每一个基因的位置和p值。
作者（S）----------Author(s)----------
Venkatraman E. Seshan
举例----------Examples----------
# test code on an easy data set[一个简单的数据集上的测试代码]
set.seed(25)
gene <- rep(c("A", "B"), c(30,20))
eloc <- c(1:30, 1:20)
edat <- matrix(rnorm(500), 50, 10)
# changes for gene1 in samples 3 & 7[gene1变化样品3和7]
edat[1:30, 3] <- edat[1:30, 3] + rep(0.9*0:1, c(17, 13))
edat[1:30, 7] <- edat[1:30, 7] + rep(1.1*0:1, c(21, 9))
# changes for gene2 in samples 4 & 7[gene2变化样品中的4和7]
edat[31:50, 4] <- edat[31:50, 4] + rep(1.1*0:1, c(8, 12))
edat[31:50, 7] <- edat[31:50, 7] + rep(1.2*0:1, c(13, 7))
exon.segment(gene, eloc, edat)
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
|
发表于 2012-2-25 16:41:56
