R语言 DiffBind包 dba.plotHeatmap()函数中文帮助文档(中英文对照)

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dba.plotHeatmap(DiffBind)
dba.plotHeatmap()所属R语言包：DiffBind

                                         Draw a binding site heatmap
                                         绘制一个具有约束力的网站热图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Draws a binding site heatmap
绘制一个具有约束力的网站热图


用法----------Usage----------


dba.plotHeatmap(DBA, attributes=DBA$attributes, maxSites=1000, minval, maxval,
                contrast, method=DBA$config$AnalysisMethod,
                th=.1, bUsePval=FALSE, report,
                mask, sites, sortFun,
                correlations=TRUE, olPlot=DBA_COR,
                margin=10, colScheme="Greens", distMethod="pearson",
                ...)



参数----------Arguments----------

参数：DBA
DBA object.   
DBA的对象。


参数：attributes
attribute or vector of attributes to use for column labels:   
使用列标签属性或属性向量：

DBA_ID  
DBA_ID

DBA_TISSUE  
DBA_TISSUE

DBA_FACTOR  
DBA_FACTOR

DBA_CONDITION  
DBA_CONDITION

DBA_REPLICATE  
DBA_REPLICATE

DBA_CONSENSUS  
DBA_CONSENSUS

DBA_CALLER  
DBA_CALLER

DBA_CONTROL  
DBA_CONTROL


参数：maxSites
maximum number of binding sites to use in heatmap. Only used when not drawing a correlation heatmap (correlations=FALSE)  
使用热图的结合位点的最大数目。只用时没有制订相关热图（相关性= FALSE，）


参数：minval
Set all scores less than this to minval  
设置所有低于此分数MINVAL


参数：maxval
Set all scores greater than this to maxval  
设置MAXVAL所有的分数比这更大


参数：contrast
number of contrast to report on; if present, draws a heatmap based on a differential binding affinity analysis (see dba.analyze). See dba.show(DBA, bContrast=T) to get contrast numbers.  
数量对比报告，如果存在的话，提请差分亲和力分析（见dba.analyze）根据热图。看到dba.show（DBA的，bContrast = T）对比数字。


参数：method
analysis method (used in conjunction with contrast):   
分析方法（对比结合使用）：

DBA_EDGER  
DBA_EDGER

DBA_DESEQ  
DBA_DESEQ

DBA_EDGER_BLOCK  
DBA_EDGER_BLOCK


参数：th
significance threshold; all sites with FDR (or p-values, see bUsePval) less than or equal to this value will be included in the report (subject to maxSites). Used in conjunction with contrast.  
意义阈值与FDR的所有网站（或p值，见bUsePval）小于或等于该值将包含在报告中（到maxSites）。对比结合使用。


参数：bUsePval
logical indicating whether to use FDR (FALSE) or p-value (TRUE) for thresholding. Used in conjunction with contrast.  
逻辑指示是否使用阈值FDR（FALSE）或P-值（true）。对比结合使用。


参数：report
report (obtained from dba.report) specifying the data to be used . If this is present, the method, th, and bUsePval parameters are ignored. Used in conjunction with contrast.  
报告（从dba.report获得），指定要使用的数据。如果这是目前，法，日，和bUsePval参数将被忽略。对比结合使用。


参数：mask
mask indicating a subset of peaksets to use when using global binding matrix (contrast is missing). See dba.mask.  
请掩盖表示子集来使用时，使用全球约束力的矩阵（对比度丢失）的peaksets。看到dba.mask。


参数：sites
logical vector indicating which sites to include; first maxSites of these. Only relevant when using global binding matrix (contrast is missing).  
逻辑向量，说明包括哪些网站，这些第一maxSites。使用时只有相关的全球约束力的矩阵（对比度丢失）。


参数：sortFun
function taking a vector of scores and returning a single value. Only relevant when using global binding matrix (contrast is missing). If present, the global binding matrix will be sorted (descending) on the results, and the first maxSites used in the heatmap. Recommended sort function options include sd, mean, median, min.  
运作以分数的向量，并返回单个值。使用时只有相关的全球约束力的矩阵（对比度丢失）。如果存在，将全球约束力的矩阵排序（降序）的结果，第一maxSites热图。推荐排序功能选项，包括SD，平均数，中位数，最小值。


参数：correlations
logical indicating that a correlation heatmap should be plotted (TRUE). If FALSE, a binding heatmap of scores/reads is plotted. This parameter can also be set to a correlation record; see dba.overlap(mode=DBA_OLAP_ALL), in which case a correlation heatmap is plotted based on the specified correlation record, using the statistic specified in olPlot.  
逻辑表明，相关热图应绘制（真）。如果为FALSE，分数结合热图/读取的绘制。这个参数也可以被设置到相关记录;看到的dba.overlap（模式= DBA_OLAP_ALL）的，在这种情况下，相关热图绘制指定的相关记录的基础上，使用在olPlot指定的统计。


参数：olPlot
if correlations is specified as a dataframe returned by dba.overlap, indicates which statistic to plot. One of:   
是作为由dba.overlap返回dataframe指定如果相关，表示绘制的统计。之一：

DBA_COR  Correlation  
DBA_COR相关

DBA_OLAP  Percentage overlap  
DBA_OLAP百分比重叠

DBA_INALL  number of peaks common to both samples  
常见的两种样品峰DBA_INALL数量


参数：margin
margin size of plot  
图边距大小


参数：colScheme
Color scheme; see colorRampPalette RColorBrewer   
配色方案;见colorRampPalette RColorBrewer


参数：distMethod
distance method for clustering; see Dist amap.  
距离聚类方法;区AMAP。


参数：...
passed on to heatmap.2 (gplots), e.g. scale etc.  
通过heatmap.2（gplots），例如：规模等。


Details

详情----------Details----------

MODE: Correlation Heatmap plot using statistics for global binding matrix:
模式：全球约束力的矩阵相关热图图使用统计：

dba.plotHeatmap(DBA, attributes=DBA$attributes, minval, maxval, correlations, olPlot, colScheme="Greens", distMethod="pearson", ...)
dba.plotHeatmap（DBA，属性= DBA的$属性，MINVAL，MAXVAL，相关性，olPlot“，colScheme =”绿党“，distMethod =”皮尔森“，...）

MODE: Correlation Heatmap plot using statistics for significantly differentially bound sites:
模式：使用统计显著差异必然的网站相关热图图：

dba.plotHeatmap(DBA, attributes=DBA$attributes, minval, maxval, contrast, method=DBA_EDGER, th=.1, bUsePval=F, overlaps, olPlot=DBA_COR, colScheme="Greens", distMethod="pearson", ...)
dba.plotHeatmap（DBA，属性= DBA的$属性，MINVAL，MAXVAL，对比度，方法= DBA_EDGER，TH = 0.1，bUsePval =楼重叠，olPlot = DBA_COR，colScheme =“绿党”，distMethod =“皮尔森” ，...）

MODE: Binding heatmap plot using significantly differentially bound sites:
模式：结合热图图显著差异必然的网站：

dba.plotHeatmap(DBA, attributes, maxSites, minval, maxval, contrast, method, th, bUsePval, correlations=FALSE, colScheme, distMethod, ...)
dba.plotHeatmap（DBA的属性，maxSites，MINVAL，MAXVAL，相比之下，法，日，bUsePval，相关= FALSE colScheme，distMethod，...）

MODE: Binding heatmap plot using the global binding matrix:
模式：使用全球约束力的矩阵结合热图图：

dba.plotHeatmap(DBA, attributes, maxSites, minval, maxval, mask, sites, correlations=FALSE, sortFun, colScheme, distMethod, ...)
dba.plotHeatmap（DBA的属性，maxSites，MINVAL，MAXVAL，面膜，网站，相关系数= FALSE时，sortFun，colScheme，distMethod，...）


值----------Value----------

if  correlations is not FALSE, the overlap/correlation matrix is returned.
如果相关性是不假，重叠/相关矩阵，则返回。


作者（S）----------Author(s)----------



Rory Stark




举例----------Examples----------


data(tamoxifen_peaks)
# peak overlap correlation heatmap[高峰重叠相关热图]
dba.plotHeatmap(tamoxifen)

data(tamoxifen_counts)
# counts correlation heatmap[计数相关热图]
dba.plotHeatmap(tamoxifen)

data(tamoxifen_analysis)
#correlation heatmap based on all normalized data[基于规范化的数据相关热图]
dba.plotHeatmap(tamoxifen,contrast=1,th=1)

#correlation heatmap based on DB sites only[根据相关热图仅在DB网站]
dba.plotHeatmap(tamoxifen,contrast=1)

#binding heatmap based on DB sites[基于DB的网站上的约束力热图]
dba.plotHeatmap(tamoxifen,contrast=1,correlations=FALSE)

#binding heatmap based on 1,000 sites with highest variance[根据1000最高方差网站结合热图]
dba.plotHeatmap(tamoxifen,contrast=1,th=1,correlations=FALSE,sortFun=var)

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