R语言 DEXSeq包 testForDEU()函数中文帮助文档(中英文对照)

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testForDEU(DEXSeq)
testForDEU()所属R语言包：DEXSeq

                                        Test for Differential Exon Usage.
                                         测试微分埃克森使用。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function tests for differential exon usage for each of  the genes in the object. It stores the results in the fields  fData(ecs)$pvalue and fData(ecs)$padjust.
差外显子的使用对象中的每个基因的功能测试。它存储在该领域的fData(ecs)$pvalue和fData(ecs)$padjust的结果。


用法----------Usage----------


testForDEU(ecs, formula0=NULL, formula1=NULL, nCores=1, quiet=FALSE, file="")



参数----------Arguments----------

参数：ecs
An ExonCountSet object.  
一个ExonCountSet的对象。


参数：formula0
Formula for the null model to be used in the GLM fit. If no formula is given, the default count ~ sample + exon + condition is used. See below for details  
空模型的公式要使用的GLM合适。如果没有给定的公式，使用默认的count ~ sample + exon + condition。请参阅以下详细


参数：formula1
Formula for the full model to be used in the GLM fit. If no formula is given, the default count ~ sample + exon + condition *I (exon==exonID) is used. See below for details.  
公式的GLM适合使用的完整模型。如果没有给定的公式，使用默认的count ~ sample + exon + condition *I (exon==exonID)。细节见下文。


参数：nCores
Number of CPUcores to be used to estimate the dispersions.   The multicore package must be loaded to use more than 1 core.  
被用来估计分散CPUcores。 multicore包必须装入使用超过1核心。


参数：quiet
If TRUE, no progress report is shown.  In case the session is  not an interactive session and progress report is wanted. Change the name of the file.  
如果是TRUE，没有取得任何进展报告所示。在情况的会议不是一个交互式会话和被通缉的进度报告。更改文件的名称。


参数：file
A file name to write the progress reports. If file="", output will be written in the standard output connection.  
一个文件名，写进度报告。如果文件“，输出将被写入标准输出连接。


Details

详情----------Details----------

The terms in the formulas must be columns of design(ecs). In addition, in formula1, the variable exonID is set to the ID of the currently tested exon counting bin.
公式中的条款必须是列design(ecs)。此外，formula1变exonID设置目前测试的外显子计数斌ID。

See testGeneForDEU, which is called for each gene, for further details.
的testGeneForDEU，为进一步的细节，这是每一个基因称为。


值----------Value----------

An ExonCountSet object with fData(ecs)$pvalue and  fData(ecs)$padjust data slots filled.
一个充满用fData(ecs)$pvalue和fData(ecs)$padjust数据槽ExonCountSet的对象。


参见----------See Also----------

estimateExonDispersionsForModelFrame
estimateExonDispersionsForModelFrame


举例----------Examples----------


     ## Not run: [＃无法运行：]
        data("pasillaExons", package="pasilla")
        pasillaExons <- estimateSizeFactors( pasillaExons )
        pasillaExons <- estimateDispersions( pasillaExons )
        pasillaExons <- fitDispersionFunction( pasillaExons )
        pasillaExons <- testForDEU( pasillaExons )
     
## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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