plotDEXSeq(DEXSeq)
plotDEXSeq()所属R语言包：DEXSeq
Visualization of the fitted expression, fitted splicing or the normalized counts.
可视化拟合表达式，拟合拼接或归计数。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
The function provides a plot to visualize read count data, the fitted expression, fitted splicing and the results of the test in testForDEU. The fitted values are obtained from fitting the counts values to a certain condition from the design annotation of the glm. See fitExpToVar parameter.
该功能提供了一个图，可视化读取计数数据，拟合表达式，拟合拼接，和testForDEU测试的结果。从装修从设计的GLM注释计数的值在一定的条件，得到的拟合值。请参阅fitExpToVar参数。
用法----------Usage----------
plotDEXSeq(ecs, geneID, FDR=0.1, fitExpToVar="condition",
norCounts=FALSE, expression=TRUE, splicing=FALSE,
displayTranscripts=FALSE, names=FALSE, legend=FALSE,
color=NULL, color.samples=NULL, ...)
参数----------Arguments----------
参数：ecs
An ExonCountSet object.
一个ExonCountSet的对象。
参数：geneID
ID of the gene to visualize.
可视化的基因ID。
参数：FDR
A false discovery rate used to indicate the significant exons.
假发现率用于表明显著外显子。
参数：fitExpToVar
A variable contained in the design annotation of the ExonCountSet, the expression values will be fitted to this variable using the formula count ~ fitExpToVar * exon using a model frame obtained from the function modelFrameForGene.
在设计ExonCountSet注释中包含的变量，表达式的值将被安装到这个变量，使用的公式count ~ fitExpToVar * exon使用帧功能modelFrameForGene获得模型。
参数：norCounts
If TRUE, provides a plot of the counts normalized by the size factors.
如果是TRUE，提供了积数的大小因素归。
参数：expression
If TRUE, the function plots the fitted EXPRESSION estimates from the glm regression.
如果为TRUE，函数曲线从GLM回归拟合表达估计。
参数：splicing
If TRUE, the function plots the fitted SPLICING estimates from the glm regression.
如果是TRUE，函数图从GLM回归拟合拼接估计。
参数：displayTranscripts
If TRUE, the transcripts are displayed in the plot.
如果是TRUE，成绩单显示中的图。
参数：names
If TRUE, the names of the transcripts are shown.
如果是TRUE，誊本的名字。
参数：legend
If TRUE, a legend is displayed.
如果为true，图例显示。
参数：color
A vector of colors for each of the levels of the factor in the design of the ExonCountSet object indicated by "fitExpToVar".
一个颜色为每个在的ExonCountSet对象的设计因素水平向量表示“fitExpToVar”的。
参数：color.samples
A vector of colors for each of the samples. If NULL, the colors of each sample will be assigned according to its corresponding level from "fitExpToVar". This option is useful to visualize complex experimental designs.
每个样品的颜色向量。如果为NULL，每个样品的颜色将根据其相应“fitExpToVar”水平分配。此选项是很有用的可视化复杂的实验设计。
参数：...
Further graphical parameters (see par).
进一步图形参数（见par）。
参见----------See Also----------
graphics, segments
图形，segments
举例----------Examples----------
## Not run: [＃无法运行：]
data("pasillaExons", package="pasilla")
pasillaExons <- estimateSizeFactors(pasillaExons)
pasillaExons <- estimateDispersions(pasillaExons)
pasillaExons <- fitDispersionFunction( pasillaExons )
plotDEXSeq(pasillaExons, "FBgn0085442")
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
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注：
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发表于 2012-2-25 16:35:33
