R语言 DESeq包 nbinomTest()函数中文帮助文档(中英文对照)

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nbinomTest(DESeq)
nbinomTest()所属R语言包：DESeq

                                         Test for differences between the base means for two conditions
                                         试验碱基之间的差异意味着两个条件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function tests for differences between the base means of two conditions (i.e., for differential expression in the case of  RNA-Seq).
此功能的测试碱基之间的差异，意味着两个条件（即差表达在RNA序列的情况下）。


用法----------Usage----------


nbinomTest(cds, condA, condB, pvals_only = FALSE, eps=NULL )



参数----------Arguments----------

参数：cds
a CountDataSet with size factors and raw variance functions  
与规模因素和原材料方差函数CountDataSet


参数：condA
one of the conditions in 'cds'  
在“光盘”的条件之一


参数：condB
another one of the conditions in 'cds'  
另一个在“光盘”的条件


参数：pvals_only
return only a vector of (unadjusted) p values instead of the data frame described below.  
只返回以下（未经调整）P值，而不是数据框的矢量描述。


参数：eps
This argument is no longer used. Do not use it.  
这种说法已不再使用。不要使用它。


Details

详情----------Details----------

See nbinomTestForMatrices for more technical informations
看到nbinomTestForMatrices更多的技术信息


值----------Value----------

A data frame with the following columns:
与下面的列的数据框：


参数：id
The ID of the observable, taken from the row names of the counts slots.
观察到的ID，从计数槽行名称。


参数：baseMean
The base mean (i.e., mean of the counts divided by the size factors) for the counts  for both conditions
碱基平均（即，由大小因素分为计数的意思），这两个条件的计数


参数：baseMeanA
The base mean (i.e., mean of the counts divided by the size factors) for the counts  for condition A
碱基条件A计数的平均值（即，由大小因素分为计数的意思）


参数：baseMeanB
The base mean for condition B
条件B的基础是什么意思


参数：foldChange
The ratio meanB/meanA
比meanB / meanA


参数：log2FoldChange
The log2 of the fold change
倍的log2


参数：pval
The p value for rejecting the null hypothesis 'meanA==meanB'
P值拒绝零假设“meanA == meanB”


参数：padj
The adjusted p values (adjusted with 'p.adjust( pval, method="BH")')
调整后的P值（与调整“p.adjust（pval的方法=”波黑“）”）


作者（S）----------Author(s)----------



Simon Anders, sanders@fs.tum.de




举例----------Examples----------


cds <- makeExampleCountDataSet()
cds <- estimateSizeFactors( cds )
cds <- estimateDispersions( cds )
head( nbinomTest( cds, "A", "B" ) )

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