R语言 DESeq包 makeExampleCountDataSet()函数中文帮助文档(中英文对照)

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makeExampleCountDataSet(DESeq)
makeExampleCountDataSet()所属R语言包：DESeq

                                         make a simple example CountDataSet with random data
                                         使一个简单的例子，随机数据CountDataSet

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function returns an example CountDataSet. It is used for the examples in the package help pages.
这个函数返回一个例子CountDataSet。它用于包中的帮助页面的例子。


用法----------Usage----------


makeExampleCountDataSet()



值----------Value----------

a CountDataSet that has been constructed as follows: First, true base mean values for 10,000 genes are drawn from an exponential distribution with rate 1/250. Then, certain genes are declared (with probability 0.3 per gene) as truly differentially expressed (tDE). For these genes, the true base mean is split into two values, one for condition "A" and one for condition "B", such that the log2 fold change from "A" to "B" follows a zero-centred normal distribution with standard deviation 2. Then, counts are drawn for each gene for 5 samples, the first three corresponding to condition "A" and the remaining two for condition "B". The counts are drawn from a negative binomial with the specified mean, multiplied by the size factor for the sample, with a constant raw SCV (dispersion) of 0.2 (i.e., a 'size' parameter of 1/0.2). The true size factors are fixed to c( 1., 1.3, .7, .9, 1.6 ).
一个已建造CountDataSet如下：第一，真正的碱基平均10000个基因，绘制值从指数分布率1/250。然后，某些基因（每个基因的概率为0.3）宣布，作为真正的差异表达（TDE）。对于这些基因，真正的基础上平均分成两个值，一个为条件的“A”和“B”的条件之一，如倍，从“A”变更为“B”的log2如下零中心的正态分布与标准偏差2。然后，数得出每一个基因的5个样品，前三相应的“A”和剩下的两个条件为条件的“B”。来自指定的平均值与负二项式乘以样本大小的因素，恒定的原料工程兵0.2（色散）（即“大小”参数1/0.2）计数。真实大小的因素是固定到C（1，1.3，.7，.9，1.6）。

All these values were chosen to give data that at least somewhat resembles what one might encounter in an actual experiment. Note that this function is not meant to verify the package by simulation. For this purpose the parameters and distribution choices should be more varied.
所有这些值被选为给数据，至少在某种程度上类似于在实际实验中可能会遇到什么人。请注意，此功能不是为了验证仿真包。用于此目的的参数和分布的选择应该更加多样化。


作者（S）----------Author(s)----------



Simon Anders, anders@embl.de




举例----------Examples----------


    cds <- makeExampleCountDataSet()

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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