R语言 DESeq包 fitNbinomGLMsForMatrix()函数中文帮助文档(中英文对照)

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fitNbinomGLMsForMatrix(DESeq)
fitNbinomGLMsForMatrix()所属R语言包：DESeq

                                         Fit negative binomial GLMs to a count matrix.
                                         符合负二项分布GLMs计数矩阵。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This is a low-level function that is wrapped by nbinomGLMTest.
这是一个低级别的功能是由nbinomGLMTest包裹。


用法----------Usage----------


fitNbinomGLMsForMatrix(counts, sizeFactors, rawScv, modelFormula,
   modelFrame, quiet = FALSE, reportLog2 = TRUE, glmControl = list() )



参数----------Arguments----------

参数：counts
a matrix of integer counts. Rows for genes, Columns for samples.  
一个整型数的矩阵。基因的行，列样品。


参数：sizeFactors
a vector with a size factor for each column in 'counts'.  
在“计数”为每列的大小因素的向量。


参数：rawScv
a vector with a raw SCV (i.e., a dispersion) for each row in 'counts'.  
与原工程兵在“计数”的每一行（即色散）向量。


参数：modelFormula
a model formula. The left hand side should read 'count ~'.  
模型公式。左手边应该读~算。


参数：modelFrame
a model frame (with one row for each column in 'counts')  
一个模型框架（一排每列在“计数”）


参数：quiet
whether to not print dots  
是否不打印点


参数：reportLog2
whether to convert reported coefficients from natural log to log2 scale  
是否转换报道系数从天然原木到log2规模


参数：glmControl
list of additional parameters to be passed to glm.control   
额外的参数列表被传递glm.control的


值----------Value----------

A data frame with one row for each gene and columns as follows:
一个数据框，每个基因和列如下一行：

one column for each estimated coefficient, on a log2 scale (i.e., the natural log reported by glm is rescaled to base 2)
一列上的log2规模，每个估计系数（即，重新调整基数为2的自然对数，报告由glm）

a column 'deviance', with the deviance of the fit
一列“越轨”，拟合偏差

a boolean column 'converged', indicating whether the fit converged
一个布尔列“融合”，表明是否适合融合

Furthermore, the data frame has a scalar attribute 'df.residual' that contains the number of residual degrees of freedom.
此外，数据框有一个标属性“df.residual的包含残差自由度。


作者（S）----------Author(s)----------



Simon Anders, sanders@fs.tum.de




举例----------Examples----------


# See the code of fitNbinomGLMs for an example.[看到一个例子fitNbinomGLMs代码。]

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