R语言 DESeq包 fitNbinomGLMs()函数中文帮助文档(中英文对照)

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fitNbinomGLMs(DESeq)
fitNbinomGLMs()所属R语言包：DESeq

                                         Fit a generalized linear model (GLM) for each gene.
                                         适合每个基因的广义线性模型（GLM）。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Use this function to estimate coefficients and calculate deviance from a GLM for each gene. The GLM uses the nbkd.sf family, with the dispersion estimate according to getVarianceFunction(cds). Note that this requires that the variance functions were estimated with method "pooled" or "blind".
使用这个功能估计系数和计算从每个基因的GLM的越轨行为。的GLM使用分散估计nbkd.sf家庭，根据getVarianceFunction(cds)。请注意，这需要方差函数估计方法“合并”或“盲点”。


用法----------Usage----------


fitNbinomGLMs( cds, modelFormula, glmControl=list() )



参数----------Arguments----------

参数：cds
a CountDataSet  
1 CountDataSet


参数：modelFormula
a formula. The left hand side must be 'count' (not 'counts'!), the right hand side can involve any column of pData(cds), i.e., pData(cds) is used as the model frame. If you have passed just a single factor to the 'conditions' argument of newCountDataSet, it can be referred to as 'condition' in the formula. If you have passed a data frame to 'conditions', all columns of this data frame will be available.  
一个公式。的左边必须是“计数”（而不是罪名！），右手边可以涉及任何pData(cds)，即列，pData(cds)使用的模型框架。如果你已经通过条件的newCountDataSet说法只是一个单一的因素，它可以被称为公式中的“条件”。如果你已经通过一个数据框条件，这个数据框中的所有列都可用。


参数：glmControl
list of additional parameters to be passed to glm.control  
额外的参数列表被传递glm.control的


值----------Value----------

A data frame with one row for each gene and columns as follows:
一个数据框，每个基因和列如下一行：

one column for each estimated coefficient, on a log2 scale (i.e., the natural log reported by glm is rescaled to base 2)
一列上的log2规模，每个估计系数（即，重新调整基数为2的自然对数，报告由glm）

a column 'deviance', with the deviance of the fit
一列“越轨”，拟合偏差

a boolean column 'converged', indicating whether the fit converged
一个布尔列“融合”，表明是否适合融合

Furthermore, the data frame has a scalar attribute 'df.residual' that contains the number of residual degrees of freedom.
此外，数据框有一个标属性“df.residual的包含残差自由度。


作者（S）----------Author(s)----------



Simon Anders (sanders@fs.tum.de)




参见----------See Also----------

newCountDataSet,nbinomGLMTest, nbkd.sf
newCountDataSet，nbinomGLMTest，nbkd.sf


举例----------Examples----------


   # see nbinomGLMTest for an example[看到一个例子nbinomGLMTest]

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