R语言 DEGseq包 DEGseq()函数中文帮助文档(中英文对照)

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DEGseq(DEGseq)
DEGseq()所属R语言包：DEGseq

                                        DEGseq: Identify Differentially Expressed Genes from RNA-seq data
                                         DEGseq：差异表达基因的RNA-seq的数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function is used to identify differentially expressed genes from RNA-seq data. It takes uniquely mapped reads from RNA-seq data for the two samples with a gene annotation as input.  So users should map the reads (obtained from sequencing libraries of the samples) to the corresponding genome in advance.
这个函数是用来从RNA-seq的数据，以确定差异表达基因。它采用独特的映射从两个样本作为输入的基因注释RNA-seq的数据读取。因此，用户应该读取（从测序的样本库中获得）映射到相应的基因组提前。


用法----------Usage----------


DEGseq(mapResultBatch1, mapResultBatch2, fileFormat="bed", readLength=32,
       strandInfo=FALSE, refFlat, groupLabel1="group1", groupLabel2="group2",
       method=c("LRT", "CTR", "FET", "MARS", "MATR", "FC"),
       pValue=1e-3, zScore=4, qValue=1e-3, foldChange=4, thresholdKind=1,
       outputDir="none", normalMethod=c("none", "loess", "median"),
       depthKind=1, replicate1="none", replicate2="none",
       replicateLabel1="replicate1", replicateLabel2="replicate2")



参数----------Arguments----------

参数：mapResultBatch1
vector containing uniquely mapping result files for technical replicates of sample1 (or replicate1 when method="CTR").
为技术向量，独特的映射结果文件复制SAMPLE1（或replicate1时method="CTR"）。


参数：mapResultBatch2
vector containing uniquely mapping result files for technical replicates of sample2 (or replicate2 when method="CTR").
为技术向量，独特的映射结果的文件复制的sample2（或replicate2时method="CTR"）。


参数：fileFormat
file format: "bed" or "eland". <br> example of "bed" format: chr12    7    38    readID    2    + <br> example of "eland" format: readID    chr12.fa    7    U2    F <br> Note: The field separator character is TAB. And the files must follow the format as one of the examples.  
文件格式："bed"或"eland"。 "bed"格式：chr12    7    38    readID    2    +参考注：字段分隔符是"eland"readID    chr12.fa    7    U2    FTAB格式参考范例的参考例子。和文件必须按照格式，作为一个例子。


参数：readLength
the length of the reads (only used if fileFormat="eland").
如果fileFormat="eland"读取长度（只用）。


参数：strandInfo
whether the strand information was retained during the cloning of the cDNAs.   
是否被保留在克隆的cDNA链信息。

"TRUE" : retained,  
"TRUE" ：保留，

"FALSE": not retained.  
"FALSE"：不保留。


参数：refFlat
gene annotation file in UCSC refFlat format.  <br> See http://genome.ucsc.edu/goldenPath/gbdDescriptionsOld.html#RefFlat.   
基因UCSC的refFlat格式的注释文件。参考见http://genome.ucsc.edu/goldenPath/gbdDescriptionsOld.html＃RefFlat。


参数：groupLabel1
label of group1 on the plots.
图group1的标签。


参数：groupLabel2
label of group2 on the plots.
Group2的标签上的图。


参数：method
method to identify differentially expressed genes. Possible methods are:   
差异表达基因的方法来确定。可能的方法是：

"LRT":  Likelihood Ratio Test (Marioni et al. 2008),  
"LRT"：似然比检验（Marioni等2008），

"CTR":  Check whether the variation between two Technical Replicates can be explained by the random sampling model (Wang et al. 2009),   
"CTR"：检查是否可以通过随机抽样模型（Wang等2009）解释两个技术的变化复制，

"FET":  Fisher's Exact Test (Joshua et al. 2009),  
"FET"：Fisher精确检验（约书亚等人2009），

"MARS":  MA-plot-based method with Random Sampling model (Wang et al. 2009),  
"MARS"：主图基于随机抽样模型（Wang等2009）的方法，

"MATR":  MA-plot-based method with Technical Replicates (Wang et al. 2009),  
"MATR"：主图方法与技术复制（王等，2009），

"FC" :  Fold-Change threshold on MA-plot.  
"FC" ：倍数式更改上MA图的阈值。


参数：pValue
pValue threshold (for the methods: LRT, FET, MARS, MATR).  <br> only used when thresholdKind=1.
pValue阈值（方法：LRT, FET, MARS, MATR）。参考只用时thresholdKind=1。


参数：zScore
zScore threshold (for the methods: MARS, MATR).  <br> only used when thresholdKind=2.
zScore阈值（方法：MARS, MATR）。参考只用时thresholdKind=2。


参数：qValue
qValue threshold (for the methods: LRT, FET, MARS, MATR). <br> only used when thresholdKind=3 or thresholdKind=4.
qValue阈值（方法：LRT, FET, MARS, MATR）。参考只使用时thresholdKind=3或thresholdKind=4。


参数：thresholdKind
the kind of threshold. Possible kinds are:   
阈值的一种。可能的类型：

1:  pValue threshold,   
1：pValue阈值，

2:  zScore threshold,  
2：zScore阈值，

3:  qValue threshold (Benjamini et al. 1995),  
3：qValue阈值（。Benjamini等，1995），

4:  qValue threshold (Storey et al. 2003),  
4：qValue阈值（层等2003），

5:  qValue threshold (Storey et al. 2003) and Fold-Change threshold on MA-plot are both required (can be used only when method="MARS").  
5：MA图qValue阈值（层等2003）和倍数变化阈值都是必需的（可用于只有当method="MARS"）。


参数：foldChange
fold change threshold on MA-plot (for the method: FC).
主图倍阈值（方法：FC）。


参数：outputDir
the output directory.
输出目录。


参数：normalMethod
the normalization method: "none", "loess", "median" (Yang,Y.H. et al. 2002). <br> recommend: "none".  
归一化法："none", "loess", "median"（杨，YH等2002）。参考建议："none"。


参数：depthKind
1: take the total number of reads uniquely mapped to genome as the depth for each replicate, <br> 0: take the total number of reads uniquely mapped to all annotated genes as the depth for each replicate. <br> We recommend taking depthKind=1,  especially when the genes in annotation file are part of all genes.  
1：唯一映射到基因组的深度为每个重复读取的总数，参考0：每个重复读取总数唯一映射到所有注释基因的深度。我们建议采取的参考depthKind=1，尤其是当注释文件中的基因是所有基因的一部分。


参数：replicate1
files containing uniquely mapped reads obtained from replicate batch1 (only used when method="MATR").
文件包含唯一映射读取复制BATCH1获得的（只用时method="MATR"）。


参数：replicate2
files containing uniquely mapped reads obtained from replicate batch2 (only used when method="MATR").
文件包含唯一映射读取复制batch2获得的（只用时method="MATR"）。


参数：replicateLabel1
label of replicate batch1 on the plots (only used when method="MATR").
标签上的图复制BATCH1（仅用于当method="MATR"）。


参数：replicateLabel2
label of replicate batch2 on the plots (only used when method="MATR").
图复制batch2标签（仅用于当method="MATR"）。


参考文献----------References----------

powerful approach to multiple testing. J. R. Stat. Soc. Ser. B 57, 289-300.
Bioinformatics, 25, 1026-1032.
2-channel gene expression microarrays. BMC Genomics,  10, 221.
Genome Res., 18, 1509-1517.


slide systematic variation. Nucleic Acids Research, 30, e15.

参见----------See Also----------

DEGexp, getGeneExp, readGeneExp, kidneyChr21.bed, liverChr21.bed, refFlatChr21.
DEGexp，getGeneExp，readGeneExp，kidneyChr21.bed，liverChr21.bed，refFlatChr21。


举例----------Examples----------


  kidneyR1L1 <- system.file("extdata", "kidneyChr21.bed.txt", package="DEGseq")
  liverR1L2  <- system.file("extdata", "liverChr21.bed.txt", package="DEGseq")
  refFlat    <- system.file("extdata", "refFlatChr21.txt", package="DEGseq")
  mapResultBatch1 &lt;- c(kidneyR1L1)  ## only use the data from kidneyR1L1 and liverR1L2[＃只使用从kidneyR1L1和liverR1L2的数据]
  mapResultBatch2 <- c(liverR1L2)
  outputDir <- file.path(tempdir(), "DEGseqExample")
  DEGseq(mapResultBatch1, mapResultBatch2, fileFormat="bed", refFlat=refFlat,
         outputDir=outputDir, method="LRT")
  cat("outputDir:", outputDir, "\n")

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