testOneConnectedComponent(DEGraph)
testOneConnectedComponent()所属R语言包：DEGraph
Applies a series of two-sample tests to a connected graph using various statistics
一系列的两样本测试，适用于一个连通图，使用各种统计
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Applies a series of two-sample tests to a connected graph using various statistics.
一个连通图，使用各种统计应用了一系列的两样本测试。
用法----------Usage----------
testOneConnectedComponent(graph, data, classes, ..., prop=0.2, verbose=FALSE)
参数----------Arguments----------
参数：graph
A graph object.
一个graph对象。
参数：data
A 'numeric matrix (size: number 'p' of genes x number 'n' of samples) of gene expression.
一个numericmatrix（大小号X号“基因P N样品）的基因表达。
参数：classes
A character vector (length: 'n') of class assignments.
一个charactervector（长度：N）课堂作业。
参数：...
Further arguments to be passed to laplacianFromA().
进一步的参数被传递到laplacianFromA（）。
参数：prop
A numeric value, percentage of components retained for Fourier and PCA.
一个的numeric价值，傅立叶和PCA保留的组件的百分比。
参数：verbose
If TRUE, extra information is output.
如果TRUE，输出额外的信息。
Details
详情----------Details----------
This function performs the test, assuming that all genes in the graph are represented in the expression data set, in order not to have to modify the graph topology.
执行此功能的测试，假设代表，图中的所有基因表达数据集，为了不修改图形拓扑。
Interaction signs are used if available in the graph ('getSignedGraph' is not called here, in order not to have to modify the graph topology.).
如果在图（getSignedGraph不叫这里，为了不修改图形拓扑。）互动的迹象。
The graph given as input has to have only one connex component. It can be retrieved from the output of getConnectedComponentList().
作为输入给定的图形只有一个康奈尔克斯组件。它可以检索从getConnectedComponentList（）的输出。
值----------Value----------
A structured list containing the p-values of the tests, the graph object of the connected component and the number of retained Fourier dimensions.
一个结构性的list包含测试的p值，graph连接组件对象和保留傅立叶尺寸的数量。
作者（S）----------Author(s)----------
Laurent Jacob, Pierre Neuvial and Sandrine Dudoit
参见----------See Also----------
testOneGraph() getConnectedComponentList()
testOneGraph（）getConnectedComponentList（）
举例----------Examples----------
library("rrcov")
## Some parameters[＃某些参数]
n1 <- n2 <- 20
nnodes <- nedges <- 20
k <- 3
ncp <- 0.5
sigma <- diag(nnodes)/sqrt(nnodes)
## Build graph, decompose laplacian[＃生成图，分解拉普拉斯算子]
G <- randomWAMGraph(nnodes=nnodes,nedges=nedges)
A <- G@adjMat
lfA <- laplacianFromA(A,ltype="unnormalized")
U <- lfA$U
l <- lfA$l
## Build two samples with smooth mean shift[＃建设顺利均值漂移的两个样本]
X <- twoSampleFromGraph(n1,n2,shiftM2=ncp,sigma,U=U,k=k)
## Do hypothesis testing[＃假设检验]
t <- T2.test(X$X1,X$X2) # Raw T-square[原料ţ平方米]
print(t$p.value)
tu <- graph.T2.test(X$X1,X$X2,lfA=lfA,k=k) # Filtered T-squares[过滤的T型广场]
print(tu$p.value)
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发表于 2012-2-25 16:25:33
