R语言 DEGraph包 plotValuedGraph()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotValuedGraph(DEGraph)
plotValuedGraph()所属R语言包：DEGraph

                                        Plots a graph with nodes colored according to a quantitative variable
                                         绘制图形着色节点根据一个定量变量

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plots a graph with nodes colored according to a quantitative variable.
节点根据一个定量变量着色绘制图表。


用法----------Usage----------


plotValuedGraph(graph, values=NULL, nodeLabels=nodes(graph), qMax=0.95, colorPalette=heat.colors(10), adjustColorRange=FALSE, symmetrizeArrows=FALSE, height=1, lwd=1, cex=1, ..., verbose=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：graph
A graph object.
一个graph对象。


参数：values
A named vector of numeric values according to which the graph nodes should be colored.
命名vectornumeric值根据应着色图节点。


参数：nodeLabels
A character vector of the same length and in the same order as 'nodes(graph)': node labels to be displayed.  Defaults to 'nodes(graph)'.
一个charactervector相同的长度，并作为“节点（图）”相同的顺序：要显示的节点标签。默认“节点（图）”。


参数：qMax
A numeric value, fraction of the data to be truncated in order to avoid outliers.
一个的numeric价值，被截断，以避免离群数据的一小部分。


参数：colorPalette
A character vector, the set of colors to be used.
一个character向量，要使用的颜色的集合。


参数：adjustColorRange
A logical value.  If TRUE, the color range is adjusted to the range of values of nodes actually present in the graph. Defaults to FALSE, i.e. the color range spans range(values) regardless of which nodes are present in the graph.
一个logical值。如果TRUE，色彩范围调整节点的值的范围在图中实际存在。默认FALSE，即色彩范围涵盖范围（值），无论节点是在图中。


参数：symmetrizeArrows
A logical value.  If TRUE, arrow tails are drawn as the corresponding arrow heads.  Defaults to FALSE.
一个logical值。如果TRUE，制定相应的箭头头箭头尾巴。 FALSE默认。


参数：height
A numeric value, the (common) size of nodes.
一个的numeric价值，节点（共同）的大小。


参数：lwd
A numeric value, the (common) width of edges.
一个的numeric价值，（通用）宽度的边缘。


参数：cex
A numeric value, the relative size of the text for gene names.
一个的numeric价值的相对大小，基因名称的文本。


参数：...
Further arguments to be passed to 'edgeRenderInfo' and 'nodeRenderInfo'.
进一步的参数被传递到“edgeRenderInfo和nodeRenderInfo”。


参数：verbose
If TRUE, extra information is output.
如果TRUE，输出额外的信息。


值----------Value----------

A list containing the following components:
一个list包含以下组件：




graph The 'graph' object as plotted.
图中的“图”对象绘制。




breaks The break points in the supplied values (can be used for
打破在所提供的值（可用于破发点


作者（S）----------Author(s)----------


Laurent Jacob, Pierre Neuvial and Sandrine Dudoit



参见----------See Also----------

plotKEGGgraph plot()
plotKEGGgraphplot（）


举例----------Examples----------


library("Rgraphviz")
library("KEGGgraph")
## library("NCIgraph")[＃库（“NCIgraph”）]

data("Loi2008_DEGraphVignette")
exprData <- exprLoi2008
classData <- classLoi2008
annData <- annLoi2008

rn <- rownames(exprData)

## Retrieve expression levels data for genes from one KEGG pathway[＃从一个KEGG通路的基因表达水平的数据检索]
graph <- grListKEGG[[1]]
pname <- attr(graph, "label")
print(pname)

## DEGraph T2 test[＃DEGraph T2检验]
resList <- testOneGraph(graph, exprData, classData, verbose=TRUE, prop=0.2)

## Largest connected component[＃最大的连接组件]
res <- resList[[1]]
gr <- res$graph

## individual t statistics[＃个人的t统计量]
shift <- apply(exprData, 1, FUN=function(x) {
  tt <- t.test(x[classData==0], x[classData==1])
  tt$statistic
})
names(shift) <- translateGeneID2KEGGID(names(shift))

## color palette[＃调色板]
if (require(marray)) {
  pal <- maPalette(low="red", high="green", mid="black", k=100)
} else {
  pal <- heat.colors(100)
}

## plot results[＃积结果]
dn <- getDisplayName(gr, shortLabel=TRUE)
mm <- match(translateKEGGID2GeneID(nodes(gr)), rownames(annData))
dn <- annData[mm, "NCBI.gene.symbol"]

pvg <- plotValuedGraph(gr, values=shift, nodeLabels=dn, qMax=0.95, colorPalette=pal, height=40, lwd=1, verbose=TRUE, cex=0.5)
title(pname)

txt1 <- sprintf("p(T2)=%s", signif(res$p.value[1], 2))
txt2 <- sprintf("p(T2F[%s])=%s", res$k, signif(res$p.value[2]))
txt <- paste(txt1, txt2, sep="\n")
stext(side=3, pos=1, txt)
if (require(fields)) {
  image.plot(legend.only=TRUE, zlim=range(pvg$breaks), col=pal, legend.shrink=0.3, legend.width=0.8, legend.lab="t-scores", legend.mar=3.3)
}

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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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