R语言 DEGraph包 laplacianFromA()函数中文帮助文档(中英文对照)

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laplacianFromA(DEGraph)
laplacianFromA()所属R语言包：DEGraph

                                        Calculates the Laplacian associated to an adjacency matrix
                                         相关邻接矩阵计算的Laplacian

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Calculates the Laplacian associated to an adjacency matrix.
计算相关的邻接矩阵拉普拉斯。


用法----------Usage----------


laplacianFromA(A, k=1, ltype=c("meanInfluence", "normalized", "unnormalized", "totalInfluence"))



参数----------Arguments----------

参数：A
The adjacency matrix of the graph.
图的邻接矩阵。


参数：k
...
...


参数：ltype
A character value specifying the type of Laplacian to be calculated.  Defaults to meanInfluence.
一个character值，指定类型的Laplacian计算。默认到meanInfluence。


值----------Value----------

A list containing the following components:
一个list包含以下组件：




U Eigenvectors of the graph Laplacian.
ü特征向量图的拉普拉斯算子。




l Eigenvalues of the graph Laplacian
图的拉普拉斯算子升的特征值




kIdx Multiplicity of '0' as eigenvalue.
kIdx多重0为特征值。


作者（S）----------Author(s)----------


Laurent Jacob, Pierre Neuvial and Sandrine Dudoit



举例----------Examples----------


library("KEGGgraph")
library("rrcov")

## Create a random graph[＃创建一个随机图]
graph <- randomWAMGraph(nnodes=5, nedges=7, verbose=TRUE)
plot(graph)

## Retrieve its adjacency matrix[＃找回它的邻接矩阵]
A <- graph@adjMat

## write it to KGML file[＃写KGML文件的]
grPathname <- "randomWAMGraph.xml"
writeAdjacencyMatrix2KGML(A, pathname=grPathname, verbose=TRUE, overwrite=TRUE)

## read it from file[＃从文件中读取]
gr <- parseKGML2Graph(grPathname)

## Two examples of Laplacians from the same graph[＃两个例子相同的图的拉普拉斯]
lapMI <- laplacianFromA(A, ltype="meanInfluence")
print(lapMI)

lapN <- laplacianFromA(A, ltype="normalized")
print(lapN)

U <- lapN$U
p <- nrow(A)
sigma <- diag(p)/sqrt(p)

X <- twoSampleFromGraph(100, 120, shiftM2=1, sigma, U=U, k=3)

## T2[＃T2的]
t <- T2.test(X$X1,X$X2)
str(t)

tu <- graph.T2.test(X$X1, X$X2, lfA=lapMI, k=3)
str(tu)

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