R语言 DEGraph包 getSignedGraph()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getSignedGraph(DEGraph)
getSignedGraph()所属R语言包：DEGraph

                                        Given a graph, builds a signed version of the adjacency matrix taking into account the type of interaction (e.g., activation or
                                         鉴于图，邻接矩阵建立一个签名版本，考虑到互动式（例如，激活或

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given a graph, builds a signed version of the adjacency matrix taking into account the type of interaction (e.g., activation or inhibition).
给定一个图，建立了邻接矩阵，考虑到互动式（例如，激活或抑制）签署的版本。


用法----------Usage----------


getSignedGraph(graph, positiveInteractionLabels=c("activation", "expression"), negativeInteractionLabels=c("inhibition", "repression"), verbose=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：graph
A graph object.
一个graph对象。


参数：positiveInteractionLabels
A character vector specifying which interaction labels correspond to positive interactions. Defaults to 'c("activation", "expression")'.
一个charactervector，指定互动标签对应的良性互动。默认“C（”激活“，”表情“）。


参数：negativeInteractionLabels
A character vector specifying which interaction labels correspond to negative interactions. Defaults to 'c("inhibition", "repression")'.
一个charactervector，指定互动标签对应的负面相互作用。默认“C（”紧箍咒“，”镇压“）。


参数：verbose
If TRUE, extra information is output.
如果TRUE，输出额外的信息。


值----------Value----------

This function returns a squared matrix whose (i,j) entry is:
这个函数返回一个平方矩阵（I，J）项：




0 if edges i and j are not connected
如果边缘i和j不连接




1 if edges i and j are connected by a positive interaction
1，如果边缘，i和j连接一个良性互动




-1 if edges i and j are connected by a negative interaction.
-1如果i和j的边缘连接负作用。

By construction, the absolute value of this matrix is the adjacency matrix of the graph. Edges which cannot interpreted as corresponding to a positive or a negative interaction are marked as not connected.
通过建设，这个矩阵的绝对值是该图的邻接矩阵。这不能解释为相应的积极或消极的相互作用的边缘标记为未连接。


作者（S）----------Author(s)----------


Laurent Jacob, Pierre Neuvial and Sandrine Dudoit



举例----------Examples----------


data("Loi2008_DEGraphVignette")
exprData <- exprLoi2008
rn <- rownames(exprData)

## Retrieve expression levels data for genes from one KEGG pathway[＃从一个KEGG通路的基因表达水平的数据检索]
graph <- grListKEGG[[1]]
pname <- attr(graph, "label")
cat(verbose, "Pathway name: ", pname)

sgraph <- getSignedGraph(graph, verbose=TRUE)
print(sgraph)

graphList <- getConnectedComponentList(graph, verbose=TRUE)
print(graphList)


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