qqnorm-methods(DEDS)
qqnorm-methods()所属R语言包：DEDS
Normal Q-Q Plot for DEDS Objects
DEDS的对象正常的Q-Q图
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
The function qqnorm.DEDS produces normal Quantile-Quantile plots of statistics for DEDS-class objects. The points corresponding to genes with DEDS q- or adjusted p-values less than a user defined threshold are highlighted.
功能qqnorm.DEDS生产DEDS-class对象的统计信息的正常位数，位数图。点对应的基因与DEDS的Q-或调整后的P-值超过用户定义的阈值突出。
用法----------Usage----------
## S3 method for class 'DEDS'
qqnorm(y, subset=c(1:nrow(y$stats)),
xlab = "Quantiles of standard normal", thresh = 0.05, col = palette(), pch, ...)
参数----------Arguments----------
参数：y
An object of DEDS, produced by deds.stat.linkC or deds.stat.
一个DEDS对象生产deds.stat.linkC或deds.stat。
参数：subset
A numeric vector indicating the subset of points to be plotted.
一个数值向量表示子集点要绘制。
参数：xlab
A title for the x axis
X轴的标题
参数：thresh
A numeric variable specifying the threshold of significance in differential expression (DE) for q- or p-values of the DEDS object.
一个数字变量指定阈值差异表达的意义（DE）的Q-P-值的DEDS的对象。
参数：col
A specification for the colors to be used for plotting. It should have a length bigger than two. The first is used for points with q- or adjusted p-values smaller than the specified threshold (group I) and the second for points with q- or adjusted p-values bigger than the threshold (group II).
将用于绘图的颜色规范。它应该有一个长度超过两个大。首先是用于Q-或调整p值小于指定的阈值点（I组）和第二点与Q-或调整p值超过阈值（第二组）。
参数：pch
A specification for the type of points to be used for plotting. It should have a length bigger than two. The first parameter is used for group I genes, and the second for group II genes.
一个绘图点类型的规范。它应该有一个长度超过两个大。第一个参数是用我的基因组，第二次为第二组基因。
参数：...
Extra parameters for plotting.
绘图的额外参数。
Details
详情----------Details----------
The function qqnorm.DEDS implements a S3 method of qqnorm for DEDS. The DEDS class is a simple list-based class to store DEDS results and qqnorm.DEDS is used for a DEDS object that is created by functions deds.stat, deds.stat.linkC. The list contains a "stat" component, which stores statistics from various statistical tests. The function qqnorm.DEDS extracts the "stat" component and produces a normal QQ plot for each type of statistics. qqnorm.DEDS as a default highlights points (corresponding to genes) with DEDS adjusted p- or q-values less than a user defined threshold.
的功能qqnorm.DEDS实现qqnormDEDSS3方法。 DEDS类是一个简单的基于列表的类来存储DEDS的结果qqnorm.DEDS功能deds.stat，deds.stat.linkC创建一个DEDS的对象使用。列表中包含“统计”的组成部分，存储从各种统计测试统计。功能qqnorm.DEDS提取“STAT”组件及生产各类型的统计正常的QQ图。 qqnorm.DEDS作为默认的亮点点（基因）与DEDS的调整P-Q-值超过用户定义的阈值。
For DEDS objects that are created by the function deds.pval, the "stat" matrix consists of unadjusted p-values from different statistical models. For graphical display of these p values, the user can use hist.DEDS and pairs.DEDS.
为DEDS的功能deds.pval创建的对象，“STAT”矩阵包括调整从不同的统计模型的p值。这些P值的图形显示，用户可以使用hist.DEDS和pairs.DEDS。
作者（S）----------Author(s)----------
Yuanyuan Xiao, <a href="mailto:yxiao@itsa.ucsf.edu">yxiao@itsa.ucsf.edu</a>, <br>
Jean Yee Hwa Yang, <a href="mailto:jean@biostat.ucsf.edu">jean@biostat.ucsf.edu</a>.
参见----------See Also----------
deds.stat, deds.pval, deds.stat.linkC, hist.DEDS,
deds.stat，deds.pval，deds.stat.linkC，hist.DEDS
举例----------Examples----------
X <- matrix(rnorm(1000,0,0.5), nc=10)
L <- rep(0:1,c(5,5))
# genes 1-10 are differentially expressed[差异表达基因的1-10]
X[1:10,6:10]<-X[1:10,6:10]+1
# DEDS summarizing t, fc and sam[DEDS的总结T，FC和sam]
d <- deds.stat.linkC(X, L, B=200)
# qqnorm for t, fc and sam[T，FC和萨姆qqnorm]
qqnorm(d)
# change points color[改变点颜色]
qqnorm(d, col=c(2,3))
# change points type[改变点的类型]
qqnorm(d, pch=c(1,2))
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发表于 2012-2-25 16:23:46
