R语言 DEDS包 pairs-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

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pairs-methods(DEDS)
pairs-methods()所属R语言包：DEDS

                                        Pairs Plot for DEDS Objects
                                         对图DEDS的对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function pairs-DEDS produces pairs plots of statistics or p values for DEDS-class objects.
功能pairs-DEDS产生对统计p值或DEDS-class对象的图。


用法----------Usage----------


## S3 method for class 'DEDS'
pairs(x, subset=c(1:nrow(x$stats)), labels =
colnames(x$stats[,-1]), logit = FALSE,
diagonal = c("qqnorm", "boxplot", "density", "histogram", "none"),
lower = c("cor", "none"), groups.by.deds = TRUE, thresh = 0.05, reg.line
= NULL, smooth = FALSE, line.by.group = FALSE, diag.by.group = TRUE, lower.by.group =
FALSE, col = palette(), pch = 1:n.groups, lwd = 1, legend.plot =
length(levels(groups)) > 1, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
An object of DEDS.
DEDS的对象。


参数：subset
A numeric vector indicating the subset of points to be plotted.
一个数值向量表示子集点要绘制。


参数：labels
A character vector specifying the names of the variables.
指定一个字符向量变量的名称。


参数：logit
A logical variable, if TRUE the variables are logged, useful when plotting p values.
逻辑变量，如果TRUE变量记录，图p值时非常有用。


参数：diagonal
A character string specifying the type of plot to be applied in the diagonal panels. <br>   <table summary="Rd table"> <tr>  <td align="left">       diagonal="qqnorm": </td><td align="left">  qqnorm on the diagonal</td> </tr> <tr>  <td align="left">       diagonal="boxplot": </td><td align="left"> boxplot on the diagonal</td> </tr> <tr>  <td align="left">       diagonal="density": </td><td align="left"> density on the diagonal</td> </tr> <tr>  <td align="left">       diagonal="histogram": </td><td align="left"> hist on the diagonal</td> </tr> <tr>  <td align="left">       diagonal="none": </td><td align="left"> no special plot will be applied on       the diagonal     </td> </tr>  </table>        
指定一个字符串类型图被应用在斜板。参考<table summary="Rd table"> <TR> <TD ALIGN="LEFT">diagonal="qqnorm"：</ TD> <td ALIGN="LEFT">qqnorm对角线上< / TD> </ TR> <TR> <TD ALIGN="LEFT">diagonal="boxplot"：</ TD> <td ALIGN="LEFT">boxplot对角线上的</ TD> </ TR> <TR> <td ALIGN="LEFT">diagonal="density"：</ TD> <td ALIGN="LEFT">density对角线</ TD> </ TR> <TR> <td ALIGN="LEFT"> diagonal="histogram"：</ TD> <td ALIGN="LEFT">hist对角线上的</ TD> </ TR> <TR> <TD ALIGN =“离开“>diagonal="none"：</ TD> <td ALIGN="LEFT">没有特殊的图，将适用于对角线上的</ TD> </ TR> </ TABLE>


参数：lower
A character string specifying the function to be applied in the lower panels. <br>   <table summary="Rd table"> <tr>  <td align="left">       lower="cor": </td><td align="left">  absolute correlation will be put on the       lower panel</td> </tr> <tr>  <td align="left">       none="cor"; </td><td align="left"> no special function will be applied       </td> </tr>  </table>  
一个字符串，指定功能被应用在较低的面板。参考<table summary="Rd table"> <TR> <TD ALIGN="LEFT">lower="cor"：</ TD> <td ALIGN="LEFT">绝对的关系将放在较低面板</ TD> </ TR> <TR> <TD ALIGN="LEFT"> none="cor"; </ TD> <td ALIGN="LEFT">将适用于无特殊功能</ TD> </ TR > </ TABLE>


参数：groups.by.deds
A logcial variable, if TRUE, points will be separated into groups according to their magnitude of q- or p-values by DEDS.  
一个logcial变量，如果TRUE，点成组根据自己的Q-p值的大小DEDS的分离。


参数：thresh
A numeric variable, if thresh<1, it specifies the threshold of significance in differential expression (DE) for q- or  p-values of the DEDS object; default is set at 0.05. If  thresh>1, it specifies the number of top DE genes to be highlighted.  
数字变量，如果thresh<1，它指定具有重要意义的差异表达的阈值（DE）的Q-p值DEDS的对象;的默认设置为0.05。如果thresh> 1，指定顶级DE基因的数目加以强调。


参数：reg.line
A function name specifying the type of regression line to be plotted in the scatter plots. If reg.line=lm, linear regression line will be plotted; If reg.line=NULL, no regression line will be plotted in the scatter plot.
要绘制的散点图函数名称指定回归线。如果reg.line=lm，将绘制线性回归线如果reg.line=NULL的，没有回归线将绘制散点图。


参数：smooth
A logical variable specifying if smooth regression lines will be plotted in the scatter plots. If smooth=TRUE, a lowess line will be applied.
指定一个逻辑变量，如果顺利回归线将绘制散点图。如果smooth=TRUE，lowess线将应用。


参数：line.by.group
A logical variable specifying if the regression lines should be applied within groups.
如果指定的回归线应适用于组内的一个逻辑变量。


参数：diag.by.group
A logical variable specifying if the plot in the diagonal panels would be applied groupwise.
一个逻辑变量指定如果在对角线板图将适用的GroupWise。


参数：lower.by.group
A logical variable, if lower.by.group=TRUE and lower="cor", correlation coefficients will be calculated and printed separated according to groups in the lower panels.
逻辑变量，如果lower.by.group=TRUE和lower="cor"，相关系数将计算和打印分离在较低的面板组。


参数：col
A specification for the colors to be used for plotting different groups, see par.
一个规范的颜色被用于绘制不同群体，看到par。


参数：pch
A specification for the type of points to be used for plotting different groups, see par.
一个被用于绘制不同群体的分型规范，看到par。


参数：lwd
A specification for the width of lines to be used if lines are plotted; see par.
一个要使用，如果线绘制的线条的宽度的规范;par。


参数：legend.plot
A logical variable specifying if the legend will be plotted.
指定一个逻辑变量，如果将绘制的传说。


参数：...
Extra parameters for plotting.
绘图的额外参数。


Details

详情----------Details----------

The function pairs.DEDS implements a S3 method of pairs for DEDS. The DEDS class is a simple list-based class to store DEDS results and it is usually created  by functions deds.pval, deds.stat, deds.stat.linkC. The list contains a "stat" component, which stores statistics or p values from various statistical tests. The function pairs.DEDS extracts the "stat" component and produces a matrix of scatterplot.
的功能pairs.DEDS实现pairsDEDSS3方法。 DEDS类是一个简单的基于列表的类来存储DEDS的结果，它通常是由函数创建deds.pval，deds.stat，deds.stat.linkC。列表中包含“统计”的组成部分，存储统计数据或从各种统计检验的P值。功能pairs.DEDS提取“STAT”的组成部分，并产生一个散点图矩阵。

pairs.DEDS as a default highlights points (corresponding to genes) with adjusted p- or q-values less than a user defined threshold. The user can select among a series of options a plot for the diagonal panel; as a default, it produces a qqnorm for each column in the "stat" matrix. Both the diagonal and lower panels can be stratified by specifying the diag.by.group or lower.by.group arguments.
pairs.DEDS作为一个用户定义的阈值比默认的亮点点（基因）与校正P或Q值。用户可以选择之间的一系列选项一个对角线面板的图;作为默认值，它会产生一个qqnorm为每列在“STAT”矩阵。两个对角线和下板可以通过指定diag.by.group或lower.by.group参数分层。


作者（S）----------Author(s)----------


Yuanyuan Xiao, <a href="mailto:yxiao@itsa.ucsf.edu">yxiao@itsa.ucsf.edu</a>, <br>
Jean Yee Hwa Yang, <a href="mailto:jean@biostat.ucsf.edu">jean@biostat.ucsf.edu</a>.



参见----------See Also----------

deds.stat, deds.pval, deds.stat.linkC, hist.DEDS,
deds.stat，deds.pval，deds.stat.linkC，hist.DEDS


举例----------Examples----------


X <- matrix(rnorm(1000,0,0.5), nc=10)
L <- rep(0:1,c(5,5))

# genes 1-10 are differentially expressed[差异表达基因的1-10]
X[1:10,6:10]<-X[1:10,6:10]+1
# DEDS[DEDS的]
d <- deds.stat.linkC(X, L, B=200)

# pairs plot[对图]
pairs(d)
# plot regression line[图回归线]
pairs(d, reg.line=lm, lwd=2)
# histogram in the diagonal panel[直方图对角线面板的]
pairs(d, diagonal="hist")
# boxplot on the diagonal panel and stratified[盒形图上面板的对角线和分层]
pairs(d, diagonal="boxplot", diag.by.group=TRUE)

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