R语言 DECIPHER包 Seqs2DB()函数中文帮助文档(中英文对照)

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Seqs2DB(DECIPHER)
Seqs2DB()所属R语言包：DECIPHER

                                         Add Sequences from Text File to Database
                                         从文本文件到数据库中添加序列

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Adds sequences to a database.
添加到数据库中的序列。


用法----------Usage----------


Seqs2DB(seqs,
        type,
        dbFile,
        identifier,
        tblName = "DNA",
        chunkSize = 99999,
        replaceTbl = FALSE,
        verbose = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：seqs
Either a character string specifying the file path to the file containing the sequences, or a DNAStringSet object.  
无论是一个字符串，指定文件路径的文件，其中包含的序列，或DNAStringSet对象。


参数：type
The type of sequences being imported.  This should be (an unambiguous abbreviation of) one of "FASTA", "GenBank", or "DNAStringSet".  
正在导入的序列类型。这应该是（一个明确的缩写）"FASTA"，"GenBank"或"DNAStringSet"。


参数：dbFile
A SQLite connection object or a character string specifying the path to the database file.  If the dbFile does not exist then a new database is created at this location.  
一个SQLite连接对象或一个字符串指定的数据库文件的路径。如果dbFile不存在，则创建一个新的数据库在这个位置。


参数：identifier
Character string specifying the "id" to give the imported sequences in the database.  
字符串指定的"id"给在数据库中导入序列。


参数：tblName
Character string specifying the table in which to add the sequences.  
字符串指定要在其中添加序列表。


参数：chunkSize
Number of lines of the seqs to read at a time.  For very large sequence files, using 1e7 results in a quicker import than the default (99999), but only if enough memory is available.  
seqs一次读取的行数。对于非常大的顺序文件，使用进口比默认更快的1e7结果（99999），但只有当足够的可用内存。


参数：replaceTbl
Logical.  If FALSE (the default) then the sequences are appended to any already existing in the table.  If TRUE then any sequences already in the table are overwritten.  
逻辑。如果FALSE（默认），然后序列追加到任何已在现有的表。如果TRUE然后覆盖已经在表中的任何序列。


参数：verbose
Logical indicating whether to display each query as it is sent to the database.  
逻辑指示是否显示每个查询发送到数据库，因为它是。


Details

详情----------Details----------

Sequences are imported into the database in chunks of lines specified by chunkSize.  The sequences can then be identified by searching the database for the identifier provided.  Sequences are added to the database verbatim, so that no sequence information is lost when the sequences are exported from the database.
序列导入到数据库中指定的行chunkSize块。然后可以序列确定搜索identifier提供数据库。序列被添加到数据库中逐字的，所以没有序列信息丢失时从数据库中导出的序列。


值----------Value----------

The total number of sequences in the database table is returned after import.
进口后返回的序列数据库中的表的总数。


作者（S）----------Author(s)----------



Erik Wright <a href="mailtoECIPHER@cae.wisc.edu">DECIPHER@cae.wisc.edu</a>




参见----------See Also----------

SearchDB, DB2FASTA
SearchDB，DB2FASTA


举例----------Examples----------


gen <- system.file("extdata", "Bacteria_175seqs.gen", package="DECIPHER")
dbConn <- dbConnect(SQLite(), ":memory:")
Seqs2DB(gen, "GenBank", dbConn, "Bacteria")
BrowseDB(dbConn)
dbDisconnect(dbConn)

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