R语言 DECIPHER包 IdentifyByRank()函数中文帮助文档(中英文对照)

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IdentifyByRank(DECIPHER)
IdentifyByRank()所属R语言包：DECIPHER

                                         Identify By Taxonomic Rank
                                         识别分类排名

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Identifies sequences by a specific level of their taxonomic rank.
标识的特定级别的分类等级序列。


用法----------Usage----------


IdentifyByRank(dbFile,
               tblName = "DNA",
               level = 3,
               add2tbl = FALSE,
               verbose = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：dbFile
A SQLite connection object or a character string specifying the path to the database file.  
一个SQLite连接对象或一个字符串指定的数据库文件的路径。


参数：tblName
Character string specifying the table where the rank information is located.  
字符串指定位于排名信息表。


参数：level
Level of the taxonomic rank.  
等级分类排名。


参数：add2tbl
Logical or a character string specifying the table name in which to add the result.  
逻辑或一个字符串，指定要在其中添加结果表名。


参数：verbose
Logical indicating whether to print database queries and other information.  
逻辑表示是否打印数据库查询和其他信息。


Details

详情----------Details----------

Simply identifies a sequence by a specific level of its taxonomic rank.  Requires that rank information be present in the tblName, such as that created when importing sequences from a GenBank file.
简单地标识由特定级别的分类排名顺序。要求tblName如导入序列从GenBank中的文件时创建的，目前排名信息。

If the specified level of rank does not exist then the closest rank is chosen.  This makes it possible to determine the lowest level classification (e.g., genus) by specifying level = 100.
如果不存在，则指定级别的排名最接近的排名是选择。这使得它能够确定的最低水平分类（如属）指定level = 100。


值----------Value----------

A data.frame with the rank and corresponding identifier as "id".
一个data.framerank"id"和相应的标识。


作者（S）----------Author(s)----------



Erik Wright <a href="mailtoECIPHER@cae.wisc.edu">DECIPHER@cae.wisc.edu</a>




参见----------See Also----------

FormGroups
FormGroups


举例----------Examples----------


db <- system.file("extdata", "Bacteria_175seqs.sqlite", package="DECIPHER")
ids <- IdentifyByRank(db)

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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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